Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taaagaaaaatcatattgtgataaaaataataaatagtttgatttattttctagaaatctgaaactgactatgttttatatctcaatggtccatgaacagATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACATTATATTGATAATCTTGTTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g11150.t01
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352777272|gb|FQ473906.1|FQ473906
EST:     CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGT                         ATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
genomic: CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGTgtaagttgtt ... ccatgaacagATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
EST: gi|110386770|gb|EC951392.1|EC951392
EST:     CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGT                         ATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
genomic: CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGTgtaagttgtt ... ccatgaacagATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
EST: gi|30124740|gb|CB910079.1|CB910079
EST:     CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGT                         ATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCAGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
genomic: CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGTgtaagttgtt ... ccatgaacagATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
EST: gi|352768447|gb|FQ469623.1|FQ469623
EST:     TGGAGCTTCCTTGTATGGT                         ATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
genomic: TGGAGCTTCCTTGTATGGTgtaagttgtt ... ccatgaacagATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
EST: gi|33406811|gb|CF212438.1|CF212438
EST:     CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGT                         ATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCAGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
genomic: CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGTgtaagttgtt ... ccatgaacagATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
EST: gi|110359883|gb|EC922159.1|EC922159
EST:     CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGT                         ATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
genomic: CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGTgtaagttgtt ... ccatgaacagATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
EST: gi|71884328|gb|DT033383.1|DT033383
EST:     CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGT                         ATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCAGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT
genomic: CTGCTCTTGCTTTCAAAGAAATTTTCAAGGCTGGAGCTTCCTTGTATGGTgtaagttgtt ... ccatgaacagATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttctagaaatctgaaactgactatgttttatatctcaatggtccatgaacagATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACATTATATTGATAATCTTGTTG
                 aactgac  putative branch site (score: 2)
                      actatgttttatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taaagaaaaatcatattgtgataaaaataataaatagtttgatttattttctagaaatctgaaactgactatgttttatatctcaatggtccatgaacagATAGCTGACTTATCCATGTTGAGAGCTGGAATGCCCAAATTTGAATCACATTATATTGATAATCTTGTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- aagaaaa
- - - - - - - - - - - -aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaaatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaactga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcaatg