Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgcattcctaaattttgtctatgcatatatttgttcatgtgtattctcgatatatttcaaaagctactcaattaatatttgtctgagttttagctatgatgccacttgatttatttattagATGCCAGTGTTTGAAAGATTTGATGAGCTACTGTTGGATGCAATTTGTGATCGCCTCAAGCCAGTTCTTTATACAGAAGGTAGCTACATTGTCCGTGAGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0046g00980.t01
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0046g00980.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os06g33570.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtaagtgcattcctaaattttgtctatgcatatatttgttcatgtgtattctcgatatatttcaaaagctactcaattaatatttgtctgagttttagctatgatgccacttgatttatttattagATGCCAGTGTTTGAAAGATTTGATGAGCTACTGTTGGATGCAATTTGTGATCGCCTCAAGCCAGTTCTTTATACAGAAGGTAGCTACATTGTCCGTGAGG
                 |||||| | || || ||   | |||| | | | |  | |||   |  | |   ||       || |    | |   |     ||  || |   ||  |||  ||   || | ||| |||||||||   | ||||| | ||| ||| ||||  | || || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||  | ||||| |
---------------tcttttgtgtgtgaatgta---gatcatttatctccctgctatggatggacatagacc------atctccccccgttatgatattacaattcttttttctttgctt--cagGTTCCAATGTTTGAAAACATGGATGATCAACTCTTGAATGCCTTGTGCGACCGCCTAAAGCCTGTTCTTTATACAGAAGGTAGCTGCATAATTCGTGAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcaattaatatttgtctgagttttagctatgatgccacttgatttatttattagATGCCAGTGTTTGAAAGATTTGATGAGCTACTGTTGGATGCAATTTGTGATCGCCTCAAGCCAGTTCTTTATACAGAAGGTAGCTACATTGTCCGTGAGG
                                           tttattt  CT-rich tract
                                     acttgatttatttatt  TA-rich tract