1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
...ttagggtctgggaatggacttggctttccattgcctatttgatactttattctgtatatatgaacagtatgaatcttttactatgttgctcattgttcagCCTGCTGTGAATCCGGTTGATGAATATGGTGCCTTAATTTATGCTGGAAGATGGGGAGTCCATGGGATTACACTTCCTGGAAGGGTTACGTTTGCACCTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0044g01180.t01 |
intron # | 14 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGCTGATGAAATTTGGGAGATATATACAAGGGCTCCTAGAATACCTCAG CCTGCTGTGAATCCGGTTGATGAATATGGTGCCCTAATTTATGCTGGAAGAEST: gi|30133647|gb|CB918986.1|CB918986
genomic: AAGCTGATGAAATTTGGGAGATATATACAAGGGCTCCTAGAATACCTCAGgtagttcttg ... cattgttcagCCTGCTGTGAATCCGGTTGATGAATATGGTGCCTTAATTTATGCTGGAAGA
EST: AAGCTGATGAAATTTGGGAGATATATACAAGGGCTCCTAGAATACCTCAG CCTGCTGTGAATCCGGTTGATGAATATGGTGCCTTAATTTATGCTGGAEST: gi|110381674|gb|EC935090.1|EC935090
genomic: AAGCTGATGAAATTTGGGAGATATATACAAGGGCTCCTAGAATACCTCAGgtagttcttg ... cattgttcagCCTGCTGTGAATCCGGTTGATGAATATGGTGCCTTAATTTATGCTGGA
EST: AAGCTGATGAAATTTGGGAGATATATACAAGGGCTCCTAGAATACCTCAG CCTGCTGTGAATCCGGTTGATGAATATGGTGCCTTAATTTATGCTGGAAGAEST: gi|33405451|gb|CF211078.1|CF211078
genomic: AAGCTGATGAAATTTGGGAGATATATACAAGGGCTCCTAGAATACCTCAGgtagttcttg ... cattgttcagCCTGCTGTGAATCCGGTTGATGAATATGGTGCCTTAATTTATGCTGGAAGA
EST: AAGCTGATGAAATTTGGGAGATATATACAAGGGCTCCTAGAATACCTCAG CCTGCTGTGAATCCGGTTGATGAATATGGTGCCCTAATTTATGCTGGAAGA
genomic: AAGCTGATGAAATTTGGGAGATATATACAAGGGCTCCTAGAATACCTCAGgtagttcttg ... cattgttcagCCTGCTGTGAATCCGGTTGATGAATATGGTGCCTTAATTTATGCTGGAAGA
tttattctgtatatatgaacagtatgaatcttttactatgttgctcattgttcagCCTGCTGTGAATCCGGTTGATGAATATGGTGCCTTAATTTATGCTGGAAGATGGGGAGTCCATGGGATTACACTTCCTGGAAGGGTTACGTTTGCACCTG
tatatatgaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttagggtctgggaatggacttggctttccattgcctatttgatactttattctgtatatatgaacagtatgaatcttttactatgttgctcattgttcagCCTGCTGTGAATCCGGTTGATGAATATGGTGCCTTAATTTATGCTGGAAGATGGGGAGTCCATGGGATTACACTTCCTGGAAGGGTTACGTTTGCACCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - ggtctgg
- - - - - - - - - cttggct
- - - - - - - - - - - - - -ccattgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgct