1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
...agctttccatttttccacacttgagaactttctccctcgtgataattaatagttttttcgagttttaatgatcatagttttgaccatccatatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0085g00880.t01 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|351040417|gb|FQ434550.1|FQ434550
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|110688026|gb|EE066106.1|EE066106
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAAEST: gi|351042224|gb|FQ442691.1|FQ442691
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|30302041|gb|CB978835.1|CB978835
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|351028680|gb|FQ446353.1|FQ446353
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|30128391|gb|CB913730.1|CB913730
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|29785203|gb|CB341997.2|CB341997
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|349827719|gb|FQ422587.1|FQ422587
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|110712816|gb|EE088195.1|EE088195
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: GTCCAGAGTATGCAAGTTTGGTGAAGGTTTTACTGAAAGTGTGGTCCCAG G-TCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAAAAGEST: gi|77586300|gb|DV222253.1|DV222253
genomic: GTCCAAAGTATGCAAGTT-GGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCC-AGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: GCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|351018416|gb|FQ439228.1|FQ439228
genomic: GCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|349820783|gb|FQ404157.1|FQ404157
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|349832930|gb|FQ423052.1|FQ423052
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: GTCCAAAGTATTGCA-GTTGGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAEST: gi|34543124|gb|CF511356.1|CF511356
genomic: GTCCAAAGTAT-GCAAGTTGG-TGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCA
EST: CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|110363491|gb|EC927084.1|EC927084
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAA-GTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|110393201|gb|EC958271.1|EC958271
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|110728458|gb|EE104042.1|EE104042
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|29785173|gb|CB341929.2|CB341929
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|161716149|gb|FC069492.1|FC069492
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|33407050|gb|CF212677.1|CF212677
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|30134739|gb|CB920077.1|CB920077
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|351029837|gb|FQ427677.1|FQ427677
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|110693458|gb|EE069709.1|EE069709
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|29781739|gb|CB346445.2|CB346445
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAGAGTATGTAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|30251721|gb|CB969454.1|CB969454
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|351028364|gb|FQ427260.1|FQ427260
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|351040173|gb|FQ425259.1|FQ425259
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|110688619|gb|EE067379.1|EE067379
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: TGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAGEST: gi|351033667|gb|FQ462197.1|FQ462197
genomic: TGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
ttaatagttttttcgagttttaatgatcatagttttgaccatccatatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
ttttgac putative branch site (score: 3)
ttttaatgatcata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agctttccatttttccacacttgagaactttctccctcgtgataattaatagttttttcgagttttaatgatcatagttttgaccatccatatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
-gctttcc
- - - - - - - ccacact
- - - - - - - - - - - - - - -ttctccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatcca