1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...gtgtagaaccgtgcttatactcattaatagatacttatatacaaaatttatacaattactttgggaaacagattaagattaattaaatatatctttgcagATGTAATCACTATCTAGCCAATTGGAAAAGCTGTTATAGTGAGGATTGACAAAGGGTCACTATGTCTTAGAGACCCATATTAAGAAGCTGTAGATGGTGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0027g01070.t01 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGGAAGCACCACTGTCAAGGCTTGTGACAACAACAATACTTGTTACCG ATGTAATCACTATCTAGCCAATTGGAAAAGCTGTTATAGTGAGGATTGACAEST: gi|32272501|gb|CD721660.1|CD721660
genomic: GAGGGAAGCACCACTGTCAAGGCTTGTGACAACAACAATACTTGTTACCGgtatcaattt ... atctttgcagATGTAATCACTATCTAGCCAATTGGAAAAGCTGTTATAGTGAGGATTGACA
EST: GAGGGAAGCACCACTGTCAAGGCTTGTGACAACAACAATACTTGTTACCG ATGTAATCACTATCTAGCCAATTGGAAAAGCTGTTATAGTGAGGATTGACA
genomic: GAGGGAAGCACCACTGTCAAGGCTTGTGACAACAACAATACTTGTTACCGgtatcaattt ... atctttgcagATGTAATCACTATCTAGCCAATTGGAAAAGCTGTTATAGTGAGGATTGACA
atttatacaattactttgggaaacagattaagattaattaaatatatctttgcagATGTAATCACTATCTAGCCAATTGGAAAAGCTGTTATAGTGAGGATTGACAAAGGGTCACTATGTCTTAGAGACCCATATTAAGAAGCTGTAGATGGTGG
gattaat putative branch site (score: 3)
tatcttt putative PPT
aaacagattaagatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgtagaaccgtgcttatactcattaatagatacttatatacaaaatttatacaattactttgggaaacagattaagattaattaaatatatctttgcagATGTAATCACTATCTAGCCAATTGGAAAAGCTGTTATAGTGAGGATTGACAAAGGGTCACTATGTCTTAGAGACCCATATTAAGAAGCTGTAGATGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - -accgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - atacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aattaaa