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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttacatcgacctccatcttctttctatcctatgcttctacttttgtttagggcttgattttgtatgtttaataattgtggtttttcttttggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTGCCTTGAGTTTTTGAGGAGTGGCAAGATTGATGTTAAACCCCTGATAACC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0100g00290.t01
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110371415|gb|EC935423.1|EC935423
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCCGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|351056349|gb|FQ454210.1|FQ454210
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110686942|gb|EE063920.1|EE063920
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCCGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110387722|gb|EC952414.1|EC952414
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCCGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|51050534|gb|CO818600.1|CO818600
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCCGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110361691|gb|EC925184.1|EC925184
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|351022714|gb|FQ428623.1|FQ428623
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAATACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|349812173|gb|FQ410970.1|FQ410970
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCCGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|51989818|gb|CV179273.1|CV179273
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|51050337|gb|CO818498.1|CO818498
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110358853|gb|EC923372.1|EC923372
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|83276410|gb|DV940418.1|DV940418
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110706383|gb|EE081871.1|EE081871
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110401034|gb|EC967627.1|EC967627
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|349809705|gb|FQ398298.1|FQ398298
EST:     GGTTCGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAATACATGGCTGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110361037|gb|EC924488.1|EC924488
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCCGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|30296050|gb|CB972844.1|CB972844
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|56409690|gb|CX017942.1|CX017942
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|87584229|gb|DY473468.1|DY473468
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|34319976|gb|CF372730.1|CF372730
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|351045870|gb|FQ441055.1|FQ441055
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAATACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|351017868|gb|FQ436221.1|FQ436221
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAATACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110369725|gb|EC933892.1|EC933892
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTC
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|30252718|gb|CB970269.1|CB970269
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCCGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTCGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110381244|gb|EC946566.1|EC946566
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCCGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|34320774|gb|CF373528.1|CF373528
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110365933|gb|EC929494.1|EC929494
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCCGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|351030108|gb|FQ430850.1|FQ430850
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|351013624|gb|FQ429765.1|FQ429765
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110707199|gb|EE083401.1|EE083401
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCCGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110421558|gb|EC987856.1|EC987856
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|34362703|gb|CF404288.1|CF404288
EST:     GACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110428808|gb|EC995289.1|EC995289
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|351013125|gb|FQ424830.1|FQ424830
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110417497|gb|EC983557.1|EC983557
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|110422924|gb|EC989258.1|EC989258
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
EST: gi|56409614|gb|CX017866.1|CX017866
EST:     GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAG                         GGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG
genomic: GGTTTGGCCCAGAGTGAGATGACTGTTCCTCTCACTCCAGCTGCTGCCAGgtaattgatc ... ggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttagggcttgattttgtatgtttaataattgtggtttttcttttggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTGCCTTGAGTTTTTGAGGAGTGGCAAGATTGATGTTAAACCCCTGATAACC
                    gtttaat  putative branch site (score: 4)
                                   tttttcttttg  putative PPT
        ttgattttgtatgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttacatcgacctccatcttctttctatcctatgcttctacttttgtttagggcttgattttgtatgtttaataattgtggtttttcttttggggcaacagGGAGGTCGATATTGTTGGCATATTCCGCTATAGGAACACATGGCCGCTCTGCCTTGAGTTTTTGAGGAGTGGCAAGATTGATGTTAAACCCCTGATAACC

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- - - - acctcca
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