Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaacatgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTACGATTATGCTCATTGCATTGTAGATTCTCTTGAGAACATCACTCATTCA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0021g01230.t01
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os01g09000.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaacatgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTACGATTATGCTCATTGCATTGTAGATTCTCTTGAGAACATCACTCATTCA
                        |||  | | |||| ||| | ||   |   ||  ||||      | ||| | ||  | |    ||    ||||  |          | ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||  | |||||||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||||| 
-----------------------gtaagcaatgcaac-tgaattgtgttttgcttgtctatttcctgataaata-cacaact---cacactctgatgac--------catacagTTCACTCCTCATCCACATGCTGGTGATAAGTGGTGCATCTATCCAAGCTATGACTATGCTCACTGCATGGTGGATTCTCTTGAGAACATTACACATTCG

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os05g08990.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
gcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaacatga-gtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTACGATTATGCTCATTGCATTGTAGATTCTCTTGAGAACATCACTCATTCA
                        |||  | ||| |||| | | |||||||   ||  || | ||              | ||||    ||||  |||||  |   | |   |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||| | | |||||||| || || |||||||||||  | || || |||||||| ||||| || ||||| 
-----------------------gtaaacaattcgacattatggagttactg--ttttctgtgaa--------------gtgtagaatttaatatatttctatatatctacacagTTTACACCTCATCCCCATGCTGGCGACAAGTGGTTTATCTATCCAAGCTATGACTATGCTCATTGTTTGGTTGACTCTCTTGAAAACATTACCCATTCG

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G032049_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
gcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaacatgagtagttactaaattaccta-tcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTACGATTATGCTCATTGCATTGTAGATTCTCTTGAGAACATCACTCATTCA
                                | |     |||  | |    || | ||| |   |  | | | ||||| || |    ||||||| ||  ||        | ||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || || || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| 
-------------------------------gtaagtgacagtgctcaactgataatctaatttcatgatatataacatcagaa----ctaattgtttatacac-----atacagTTCACCCCCCATCCACATGCTGGCGACAAGTGGTGTGTCTATCCGAGCTATGACTACGCTCATTGCATGGTGGATTCTCTTGAAAACATCACACATTCG

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G048012_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
gcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaacatgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatga-gtagttactaattgatttcacttcttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTACGATTATGCTCATTGCATTGTAGATTCTCTTGAGAACATCACTCATTCA
                                     | | |   || || || |   ||| ||     | || | || |  |    |||||||| ||   |        | ||||| || ||||| ||||||||||| || || |||||| | ||||| || || || |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| 
-----------------------------------gtaagtgacattgctcaactgattattaattttcacaatatataacatcagaactaattgtttatgcac-----atacagTTCACCCCTCATCCACATGCTGGTGATAATTGGTGTATCTATCCGAGCTATGACTATGCTCATTGCATGGTGGATTCTCTTGAAAACATCACGCATTCG

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA10G41920.2 (Glycine max), 3'ss of exon 13
gcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaacatgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTACGATTATGCTCATTGCATTGTAGATTCTCTTGAGAACATCACTCATTCA
                         || || |  |  |    |  ||| |     |  |   |  || | ||  |  ||| |  |||  |  ||| | |  ||||    |  ||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| 
-----------------------gcaagtactcaactacatttttttattgctcaaatttctaggaagataatgat-tgatttcttatgatgtgaatgc-tttctgcattttagTTTACCCCACACCCTCATGCTGGAGACAAATGGTGTATCTATCCAAGTTATGATTATGCACATTGCATTGTGGATTCTCTAGAGAATATCACACATTCT

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA20G25120.2 (Glycine max), 3'ss of exon 13
gcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaacatgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTACGATTATGCTCATTGCATTGTAGATTCTCTTGAGAACATCACTCATTCA
               ||   | || ||||   |     |      || || || |  || |   | | || ||   ||   |  |||  |  ||| | |  ||||       ||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||
--------------gtaagta-ctcaactgcattttttta-----ttgctcaaatttctttgggagataataatttat---ttcttatgacgtgaatgc-tttctgcatcttagTTTACCCCACACCCTCATGCTGGAGACAAATGGTGTATCTATCCAAGTTATGATTATGCACACTGCATTGTGGATTCTCTAGAGAATATCACACATTCA

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: AT1G25350.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
gcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaacatgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcact--tcttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTACGATTATGCTCATTGCATTGTAGATTCTCTTGAGAACATCACTCATTCA
                           | | |  |||   | |  |  |||  |||| ||| ||||  |      |     |  || |   |     |   |  | |  | | |||||  | ||||| ||  | ||||| |||||||||||| | ||||| ||||| |||||||| || |||| ||| |||||||||||||| || || ||||| 
--------------------------gcaagtgaaactaaaatcctctctag-ttacatataaaaagtaggctctctctcttcttttcctgtctgacttgttaatatgctttgcagTTCGCACCTCATCCTAAGGCTGGTGACAAGTGGTGTATCTATCCGAGTTATGATTATGCCCACTGCACTGTTGATTCTCTTGAGAATATAACGCATTCG

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: PP1S43_166V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 14
-gcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaacatgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTACGATTATGCTCATTGCATTGTAGATTCTCTTGAGAACATCACTCATTCA
 | |||| |   ||   | ||||     | ||    |  || ||  |    |   |             | ||  |||   || ||| | ||            || |||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| | ||||| || ||||||||  | ||||||||||| ||| || | |||||| | || ||||||
tggaagtttcatctg--aaacattgctgccatccggatctgtgttttggtcatgatgatctctgtgctgacaagtacact-gtggtttcaaa------------ctcttgtgcagTTTACTCCTCACCCACATGTTGGAGATAAATGGTGTATATATCCTAGCTACGATTACACGCATTGCATTGTTGATGCTTTGGAGAACGTTACCCATTCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351035456|gb|FQ463301.1|FQ463301
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351016500|gb|FQ423927.1|FQ423927
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351016499|gb|FQ423926.1|FQ423926
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCCTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351025032|gb|FQ433449.1|FQ433449
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351034412|gb|FQ463225.1|FQ463225
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351033348|gb|FQ446580.1|FQ446580
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351027650|gb|FQ446817.1|FQ446817
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351024489|gb|FQ426298.1|FQ426298
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|352790073|gb|FQ479683.1|FQ479683
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351046338|gb|FQ448643.1|FQ448643
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351054204|gb|FQ450286.1|FQ450286
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351019825|gb|FQ439642.1|FQ439642
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351039502|gb|FQ461369.1|FQ461369
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351026622|gb|FQ436275.1|FQ436275
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|349833020|gb|FQ416398.1|FQ416398
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|352789985|gb|FQ479595.1|FQ479595
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351033263|gb|FQ462035.1|FQ462035
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351054398|gb|FQ450481.1|FQ450481
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|349832664|gb|FQ422022.1|FQ422022
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351056659|gb|FQ443286.1|FQ443286
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351028040|gb|FQ425941.1|FQ425941
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351043435|gb|FQ451487.1|FQ451487
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351042076|gb|FQ456286.1|FQ456286
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351034920|gb|FQ458277.1|FQ458277
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCCAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351046877|gb|FQ454487.1|FQ454487
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351035498|gb|FQ463343.1|FQ463343
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351031204|gb|FQ445031.1|FQ445031
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351051825|gb|FQ455239.1|FQ455239
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCCTCACC-ACATGCTGGA
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCC-TCACCCACATGCTGGA
EST: gi|349815577|gb|FQ400733.1|FQ400733
EST:     TGCAGAGTGACAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCCAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351036533|gb|FQ457246.1|FQ457246
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351052468|gb|FQ452501.1|FQ452501
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACCAGTGGTGTGTTTA
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTA
EST: gi|349827622|gb|FQ422490.1|FQ422490
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351025469|gb|FQ435161.1|FQ435161
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351025913|gb|FQ427925.1|FQ427925
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351044016|gb|FQ431447.1|FQ431447
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|349828962|gb|FQ419295.1|FQ419295
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|352798342|gb|FQ480367.1|FQ480367
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351016726|gb|FQ424153.1|FQ424153
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTAACCCAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351026266|gb|FQ428278.1|FQ428278
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|349823406|gb|FQ423217.1|FQ423217
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCA-GTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351025836|gb|FQ427848.1|FQ427848
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|349830206|gb|FQ420466.1|FQ420466
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351039874|gb|FQ464912.1|FQ464912
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACTCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|349819006|gb|FQ411701.1|FQ411701
EST:     TGCAGAGTGACAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTTATCCA-GTTA
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTT-ATCCAAGTTA
EST: gi|161715288|gb|FC064876.1|FC064876
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351036393|gb|FQ458768.1|FQ458768
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351042077|gb|FQ456287.1|FQ456287
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351037820|gb|FQ464261.1|FQ464261
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTACGATTATGCTCATTGCATTGTAGATTCTCTTGAGAACATCACTCATTCA
                                    tttcacttcttttgtc  CT-rich tract
     aaaaaaaaaaacatga  TA-rich tract