1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...ttattttgaatttggagcttttttatctgtcattgctgaggttattgctggattattgtgcagccattgaagtgacaagtctgtacttcaaattttgcagGTGGGACTTCAGGCTTCTGCGTGGGTGTCTCTGGGAAAACAGATTGGAGATGAAGTTGAAGTTAAGGTGGAAGAAGCCCATCCGCGTGATGATGTTCTTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g00460.t01 |
intron # | 13 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAGTCCTTAGATTTATTAAAGATCGGATTGCAGCCTTGCTACTGATGGAG GTGGGACTTCAGGCTTCTGCGTGGGTGTCTCTGGGAAAACAGATTGGAGATEST: gi|161720597|gb|FC069919.1|FC069919
genomic: TAGTCCTTAGATTTATTAAAGATCGGATTGCAGCCTTGCTACTGATGGAGgtaagggttt ... aattttgcagGTGGGACTTCAGGCTTCTGCGTGGGTGTCTCTGGGAAAACAGATTGGAGAT
EST: TAGTCCTTAGATTTATTAAAGATCGGATTGCAGCCTTGCTACTGATGGAG GTGGGACTTCAGGCTTCTGCGTGGGTGTCTCTGGGAAAACAGATTGGAGAT
genomic: TAGTCCTTAGATTTATTAAAGATCGGATTGCAGCCTTGCTACTGATGGAGgtaagggttt ... aattttgcagGTGGGACTTCAGGCTTCTGCGTGGGTGTCTCTGGGAAAACAGATTGGAGAT
tgctggattattgtgcagccattgaagtgacaagtctgtacttcaaattttgcagGTGGGACTTCAGGCTTCTGCGTGGGTGTCTCTGGGAAAACAGATTGGAGATGAAGTTGAAGTTAAGGTGGAAGAAGCCCATCCGCGTGATGATGTTCTTT
ttcaaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttattttgaatttggagcttttttatctgtcattgctgaggttattgctggattattgtgcagccattgaagtgacaagtctgtacttcaaattttgcagGTGGGACTTCAGGCTTCTGCGTGGGTGTCTCTGGGAAAACAGATTGGAGATGAAGTTGAAGTTAAGGTGGAAGAAGCCCATCCGCGTGATGATGTTCTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - tggagct
- - - - - - - - - - - - - ctgtcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcagcca