Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agaatttattatttgtttatctgttgtgaatgcaacaaactttcctatgagctaagctactactggctaactattacatattgcattcttggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTATAGACCATACTAGTGGAGTTGTGGCTTCAGAAAAACTTGGGCTGATCCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0031g00600.t01
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0031g00600.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA01G39330.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
-----agaatttattatttgtttatctgttgtgaatgcaacaaactttcctatgagctaagctactactggctaactattacatattgcattcttggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTATAGACCATACTAGTGGAG------TTGTGGCTTCAGAAAAACTTGGGCTGATCCAG
      |    ||  || |  | |  ||   ||||  ||   || | |   ||    |    |  |    |||    | || | |||   |||||    ||||||||||||||||| || ||      |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |        || | | | | |   ||||  ||   |     
attggtgctcctaggatgtaatcacatgcattgaa-acattgaagtattgaatctagtttcatgttttcagcttttgagtatacattattttctt----ttgcagTGGGGTTATGGAATTGG------GAGACCATCAAGAGCAGATTGGAGGTATAGACCATACTAGTAGGACACAACTTATTGGTGCCGGCGAACTGTGGTGCAGTTGT

upper sequence: Vv07s0031g00600.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA11G05940.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
-----agaatttattatttgtttatctgttgtgaatgcaacaaactttcctatgagctaagctactactggctaactattacatattgcattcttggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAG---ATTGGAGGTATAGACCATACTAGTGGAG------TTGT-GGCTTCAGAAAAACTTGGGCTGATCCAG
      |    ||  || |  | |  ||   ||||  ||   || | |    |||    || | |   |    | || ||   ||||   |  ||  ||||||||||||||||||| || ||      |||||| ||||| ||||   |||||||||||||||||||||||| |        || | ||   |||  ||   |||  |  |    
attgatgttcctagcatgtaatcacatgcactgaa-acattgaagtat----tgaatctagtttcatgttttcaccttttgagtatttattattttcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGG------GAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGACCATACTAGTAGGACACAACTTATCGGTGCCAGCGAACTGTGGTGTTGT----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349818091|gb|FQ408866.1|FQ408866
EST:     GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTATGGAAGCCTGGATTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: gi|110385813|gb|EC950369.1|EC950369
EST:     GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTATGGAAGCCTGGATTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: gi|30129481|gb|CB914820.1|CB914820
EST:     GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: gi|110417619|gb|EC983689.1|EC983689
EST:     GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: gi|110426449|gb|EC992860.1|EC992860
EST:     CTGGATTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
genomic: CTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: gi|351020076|gb|FQ445683.1|FQ445683
EST:     GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTATGGAAGCCTGGATTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: gi|349818104|gb|FQ408879.1|FQ408879
EST:     GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTATGGAAGCCTGGATTTTGATGAT                         TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAAGTAT
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgagctaagctactactggctaactattacatattgcattcttggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTATAGACCATACTAGTGGAGTTGTGGCTTCAGAAAAACTTGGGCTGATCCAG
                   ggctaac  putative branch site (score: 2)
                      taactattacatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agaatttattatttgtttatctgttgtgaatgcaacaaactttcctatgagctaagctactactggctaactattacatattgcattcttggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTATAGACCATACTAGTGGAGTTGTGGCTTCAGAAAAACTTGGGCTGATCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - ctgttgt
- - - - - - - - - - - - - -gaatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcattct