Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatatattttgtattctttcaattacctaaatctttttaagattattttctgtcaaaatctattactaaatcatagtagtttgggaattttatcatattatatagcacaatgcatatactatctatgcccttatcattattttttattgctattctttgaatggtctttgtacttctgattttttcatctatgcagGTTGGCTATACGCCTGATTATTTGTTCCTACTCCAAACAATTTTGCGGTCAGATCCCCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g06860.t01
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0004g06860.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA11G06720.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
gtatatatattttgtattctttcaattacctaaatctttttaagattattttctgtcaaaatctattactaaatcatagtagtttgggaattttatcatattatatagcacaatgcatatactatctatgcccttatcattattttttattgctattctttgaatggtctttgtacttctgattttttcatctatgcagGTTGGCTATACGCCTGATTATTTGTTCCTACTCCAAACAATTTTGCGGTCAGATCCCCAG
                                                                            || |  |||   | |||  |   || ||| |  | | ||    |   ||  |     ||   |||| ||||| ||  || | | |   || |     || |  |   |||| | |  ||| ||||||| || || ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  |||| ||||||
---------------------------------------------------------------------------gtattttttttctagtttagtagaatcataaaa-atattggtgttgtgattaaatgtttttaaattagttttttttaatactatctttctgat----atattcttttcttttcctttgatgaagGTTGGATACACACCTGATTATATGTTCCTTCTCCAAACAATTTTACGAACAGACCCCCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttattgctattctttgaatggtctttgtacttctgattttttcatctatgcagGTTGGCTATACGCCTGATTATTTGTTCCTACTCCAAACAATTTTGCGGTCAGATCCCCAG
                                ttctgat  putative branch site (score: 3)
                                      ttttttcatct  CT-rich tract
                                     attttttcatctat  TA-rich tract