Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgactcaatctatgctgcttgttttacatatgcttagcttttgaggagcatattagtcttgataggggagtttatttcttatgcagGGATTACTTATCTCCATCTGATATAATGGGGAACTATCCACATTTGGTTATAGTGGGAACTGGACTTGCATTTGGATTCCTTGTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g00950.t01
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0010g00950.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
lower sequence: AT3G25585.4 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
gtatgactcaatctatgctgcttgttttacatatgcttagcttttgaggagcatattagtcttgataggggagtttatttcttatgcagGGATTACTTATCTCCATCTGATATAATGGGGAACTATCCACATTTGGTTATAGTGGGAACTGGACTTGCATTTGGATTCCTTGTG
||| | ||   |||||  || |         ||||  |  || | |   | || ||| |   | || |     ||  | |||||  |||||||||||| ||||||  |||| | ||  | ||||| || || || ||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||
gtaagtctttttctattttgttc--------tatgacttactctcgttta-cacattgggacttatcgata--ttcttgtcttaaacagGGATTACTTGTCTCCAATTGATCTCATAAGAAACTACCCTCACTTAGTTGTGTTGGGAACTGGTCTTGCATTTGGATTCCTTGTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110701014|gb|EE078175.1|EE078175
EST:     CTTTATCCTTTTGCTGTGCTCATGGGAGGAGTCCTGGCATG                         GGATTACTTATCTCCATCTGATATAATGGGGAACTATCCACATTTGGTTAT
genomic: CTTTATCCTTTTGCTGTGCTCATGGGAGGAGTCCTGGCATGgtatgactca ... tcttatgcagGGATTACTTATCTCCATCTGATATAATGGGGAACTATCCACATTTGGTTAT
EST: gi|110393306|gb|EC958451.1|EC958451
EST:     CTTTATCCTTTTGCTGTGCTCATGGGAGGAGTCCTGGCATG                         GGATTACTTGTCTCCATCTGATATAATGGGAAACTATCCACATTTGGTTAT
genomic: CTTTATCCTTTTGCTGTGCTCATGGGAGGAGTCCTGGCATGgtatgactca ... tcttatgcagGGATTACTTATCTCCATCTGATATAATGGGGAACTATCCACATTTGGTTAT
EST: gi|110362948|gb|EC926511.1|EC926511
EST:     GCTTTATCCTTTTGCTGTGCTTATGGGAGGAGTCCTGGCATG                         GGATTACTTGTCTCCATCTGATATAATGGGAAACTATCCACATTTGGTTAT
genomic: GCTTTATCCTTTTGCTGTGCTCATGGGAGGAGTCCTGGCATGgtatgactca ... tcttatgcagGGATTACTTATCTCCATCTGATATAATGGGGAACTATCCACATTTGGTTAT
EST: gi|33409238|gb|CF214865.1|CF214865
EST:     CTTTATCCTTTTGCTGTGCTCATGGGAGGAGTCCTGGCATG                         GGATTACTTGTCTCCATCTGATATAATGGGAAACTATCCACATTTGGTTAT
genomic: CTTTATCCTTTTGCTGTGCTCATGGGAGGAGTCCTGGCATGgtatgactca ... tcttatgcagGGATTACTTATCTCCATCTGATATAATGGGGAACTATCCACATTTGGTTAT
EST: gi|33409643|gb|CF215270.1|CF215270
EST:     CTTTATCCTTTTGCTGTGCTCATGGGAGGAGTCCTGGCATG                         GGATTACTTGTCTCCATCTGATATAATGGGAAACTATCCACATTTGGTTAT
genomic: CTTTATCCTTTTGCTGTGCTCATGGGAGGAGTCCTGGCATGgtatgactca ... tcttatgcagGGATTACTTATCTCCATCTGATATAATGGGGAACTATCCACATTTGGTTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttagcttttgaggagcatattagtcttgataggggagtttatttcttatgcagGGATTACTTATCTCCATCTGATATAATGGGGAACTATCCACATTTGGTTATAGTGGGAACTGGACTTGCATTTGGATTCCTTGTG
                         tcttgat  putative branch site (score: 4)
                                       tttatttctt  putative PPT
                                     agtttatttcttat  TA-rich tract