Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcattgtttgaaatggtctggtatcatctactgtgtcaacttttagttgtatatcttcttctttgtatgttatctcatttctgttagcactatttgtcagCTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGTTAACTGTCCGTATTTCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0229g00110.t01
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161718361|gb|FC066303.1|FC066303
EST:     GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTG                         CTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGTT
genomic: GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTGgtatgtcaat ... tatttgtcagCTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGTT
EST: gi|161709354|gb|FC059683.1|FC059683
EST:     GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTG                         CTGGTGTGAAGGAGTTGTCACAAGAAA-GAGTCGGAAAGATGAAACTATGT
genomic: GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTGgtatgtcaat ... tatttgtcagCTGGTGTGAAGGAGTTGTCACG-GAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGT
EST: gi|34542799|gb|CF511031.1|CF511031
EST:     GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTG                         CTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGTT
genomic: GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTGgtatgtcaat ... tatttgtcagCTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGTT
EST: gi|161706430|gb|FC056318.1|FC056318
EST:     GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTG                         CTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACCAATGT
genomic: GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTGgtatgtcaat ... tatttgtcagCTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTA-TGT
EST: gi|34542883|gb|CF511115.1|CF511115
EST:     GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTG                         CTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGTT
genomic: GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTGgtatgtcaat ... tatttgtcagCTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGTT
EST: gi|110713658|gb|EE089772.1|EE089772
EST:     GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTG                         CTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGTT
genomic: GACTATGCTTGGTCTGTTGGGGATAGAGTTGATGTATGGGTACAAAATTGgtatgtcaat ... tatttgtcagCTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgtatatcttcttctttgtatgttatctcatttctgttagcactatttgtcagCTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGTTAACTGTCCGTATTTCAG
                    tatgttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcattgtttgaaatggtctggtatcatctactgtgtcaacttttagttgtatatcttcttctttgtatgttatctcatttctgttagcactatttgtcagCTGGTGTGAAGGAGTTGTCACGGAAAAGAGTCGGAAAGATGAAACTATGTTAACTGTCCGTATTTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - ggtctgg
- - - - - - - - - - - - catctac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgttag