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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtttcagcatcccttctccattttttgagcagtctttttaattgaccatatttcatgttcttatagTCCTTCCACCTGGGGCATCTATTATCCTTTCATCCACTGTTTCTCCGGGATTTGTGATCCAGCTTGAGCGCCGATTGAAAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g02140.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32456152|gb|CD797326.1|CD797326
EST:     TGAAGCTCAAGCTGAAAGTGTTTTATTTGGAGATCTTGGTGCAGTAAAAG                         TCCTTCCACCTGGGGCATCTATTATCCTTTCATCCACTGTTTCTCCGGGAT
genomic: TGAAGCTCAAGCTGAAAGTGTTCTATTTGGAGATCTTGGTGCAGTAAAAGgtagtttcag ... gttcttatagTCCTTCCACCTGGGGCATCTATTATCCTTTCATCCACTGTTTCTCCGGGAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccttctccattttttgagcagtctttttaattgaccatatttcatgttcttatagTCCTTCCACCTGGGGCATCTATTATCCTTTCATCCACTGTTTCTCCGGGATTTGTGATCCAGCTTGAGCGCCGATTGAAAA
                            aattgac  putative branch site (score: 3)
                                            tgttctt  putative PPT
                     tctttttaatt  TA-rich tract