Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtaatgatttcattcttgatgcagcacttttttttccttttttgggacatctgcacttgtatgcatgataaattctaattcttctgttcctatgcagTTACACTGTTGAAGCCTTAGAGATGCTGCTGCTGCCCATGGCAAAAGATGGTACTGAGGCCCTTGGTTCAATGGGAAATGATGCTCCATTGGCTGTGATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0098g00290.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0098g00290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA06G13280.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
gtatgtaatgatttcattcttgatgcagcacttttttttccttttttgggacatctgcacttgtatgcatgataaattctaattcttctgttcctatgcagTTACACTGTTGAAGCCTTAGAGATGCTGCTGCTGCCCATGGCAAAAGATGGTACTGAGGCCCTTGGTTCAATGGGAAATGATGCTCCATTGGCTGTGATG
||||| ||||  | ||| |   ||     | ||| |||   || | |     || | |      | | ||| |   ||   ||||| || |       ||| || || |||||| |||| || ||| |  | || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||
gtatggaatg--tccatcccgaat-----attttctttattttatctattgtatttacg-----aaggatg-tgtttttatattctgctttattctaacagATATACCGTTGAATCCTTGGAAATGTTATTACTTCCCATGGCAAAAGATGGTACGGAAGCCCTTGGGTCAATGGGAAATGATGCTCCATTAGCCGTCATG

upper sequence: Vv16s0098g00290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA04G41540.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
gtatgtaatgatttcattcttgatgcagcacttttttttccttttttgggacatctgcacttgtatgcatgataaattctaattcttctgttcctatgcagTTACACTGTTGAAGCCTTAGAGATGCTGCTGCTGCCCATGGCAAAAGATGGTACTGAGGCCCTTGGTTCAATGGGAAATGATGCTCCATTGGCTGTGATG
|||||||||   | ||| ||  ||        |||| ||  || | |     ||   ||   | |||| |      ||   ||||| || |    |  ||| || || || ||| |||| || ||| || | || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||  | |||
gtatgtaata--tccatcctgaata-------ttttctttattatctattgtatgcacaaagg-atgcgtt-----tttatattctgctttattcaaacagATATACCGTCGAATCCTTGGAAATGTTGTTACTTCCCATGGCAAAAGATGGTACGGAAGCCCTTGGGTCAATGGGAAATGATACTCCATTAGCCATCATG

upper sequence: Vv16s0098g00290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA19G16450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
gtatgtaatgatttcattcttgatgcagcacttttttttccttttttgggacatctgcacttgtatgcatgataaattctaattcttctgttcctatgcagTTACACTGTTGAAGCCTTAGAGATGCTGCTGCTGCCCATGGCAAAAGATGGTACTGAGGCCCTTGGTTCAATGGGAAATGATGCTCCATTGGCTGTGATG
||||| |||||   |||  || ||     | ||  |     || | ||      ||||| || |       |||  ||   ||| | || |    |||||| || || |||||| | || || |||||  | || || ||||| || ||||||   || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||
gtatgcaatgac--catcattaat-----atttcctcaattttatctg------ctgcatttatgaaggaaatatttttatattatgctttattcatgcagATATACAGTTGAATCATTGGAAATGCTATTACTTCCTATGGCCAAGGATGGTGTAGAAGCCCTTGGGTCAATGGGAAATGATACTCCATTGGCTGTCATG

upper sequence: Vv16s0098g00290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA14G32500.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
gtatgtaatgatttcattcttgatgcagcacttttttttccttttttgggacatctgcacttgtatgcatgataaattcta-attcttctgttcctatgcagTTACACTGTTGAAGCCTTAGAGATGCTGCTGCTGCCCATGGCAAAAGATGGTACTGAGGCCCTTGGTTCAATGGGAAATGATGCTCCATTGGCTGTGATG
||||| ||  |   |||  || ||     | ||  |   | || | ||       || | || |       |||  || || ||| | || |    |||||| || || |||||| | || || |||||  | || || ||||| || |||||    || ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||
gtatgcaacaac--catcattaat-----atttcctcaactttatctga------tgtatttatgaaggaaatattttttatattatgctttattcatgcagATATACAGTTGAATCATTGGAAATGCTATTACTTCCTATGGCCAAGGATGGCGTAGAAGCCCTAGGGTCAATGGGAAATGATACTCCATTGGCTGTCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgggacatctgcacttgtatgcatgataaattctaattcttctgttcctatgcagTTACACTGTTGAAGCCTTAGAGATGCTGCTGCTGCCCATGGCAAAAGATGGTACTGAGGCCCTTGGTTCAATGGGAAATGATGCTCCATTGGCTGTGATG
                              ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                    ttcttctgttcctat  CT-rich tract
                      atgataaattctaatt  TA-rich tract