Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaactttatgcagtgctggccagatttgtggatttttaaaatctctttcaatcccaaatcctctattgaggaaagaaaaaaaaaaaatcctttcaaaactttatcctatctaatctatgttctatctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGACTTGTGAAACTGCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0046g02040.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349814570|gb|FQ399210.1|FQ399210
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAG                         GCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCGGCACTTTCAA-CTGG
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTT-CGAGCTGG
EST: gi|110730873|gb|EE108453.1|EE108453
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAG                         GCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
EST: gi|351052220|gb|FQ452374.1|FQ452374
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAG                         GCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
EST: gi|110373389|gb|EC937620.1|EC937620
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAG                         GCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
EST: gi|110391978|gb|EC957064.1|EC957064
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAG                         GCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
EST: gi|110425833|gb|EC992226.1|EC992226
EST:     TTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAG                         GCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
genomic: TTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
EST: gi|351043081|gb|FQ451254.1|FQ451254
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCGG                         GCTGATGCTTTTGCTAAAA-GCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCCAGCTGGA
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
EST: gi|110387119|gb|EC951763.1|EC951763
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAG                         GCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
EST: gi|351033796|gb|FQ447834.1|FQ447834
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAG                         GCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
EST: gi|349820667|gb|FQ408496.1|FQ408496
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAG                         GCTGATGCCTTTGCTAAAAAGCTTGGT
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGT
EST: gi|351044625|gb|FQ443156.1|FQ443156
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAG                         GCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
EST: gi|351029807|gb|FQ427647.1|FQ427647
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAN                         GCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
EST: gi|351052441|gb|FQ452474.1|FQ452474
EST:     ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAG                         GCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA
genomic: ACCTTGTAAGCTTTGGTCTTAATCTTGTGAGCCGATCTTTTGAATTTCAGgtaactttat ... atctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaaaaaaatcctttcaaaactttatcctatctaatctatgttctatctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGACTTGTGAAACTGCAG
                             atctaat  putative branch site (score: 3)
                                         ttctatct  putative PPT
            tttcaaaactttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaactttatgcagtgctggccagatttgtggatttttaaaatctctttcaatcccaaatcctctattgaggaaagaaaaaaaaaaaatcctttcaaaactttatcctatctaatctatgttctatctatgtagGCTGATGCTTTTGCTAAAAAGCTTGGTTATGCTGCAGCACTTCGAGCTGGACTTGTGAAACTGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG