Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgttacaaactcattatttgctatggtcatacctggagaattatcacctcattcgcctattatgttggaccgattgcagAAAAAGGTTTTGGACCATCTTCTGATGTTGGGAGTTGAGAGCCAATGGGCTCCTGTTGCAGTACGTTGTGCG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0139g00160.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0139g00160.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: AT3G27530.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
gtttgttacaa-actca----ttatttgctatggtcatacctggagaattatcacctcattcgcctattatgttgga-ccgattgcagAAAAAGGTTTTGGACCATCTTCTGATGTTGGGAGTTGAGAGCCAATGGGCTCCTGTTGCAGTACGTTGTGCG
||||||||  | | |||    ||||      |  |  |     |      ||    |  ||   |||| || || || || ||  ||||||||  |  | ||| | || ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||   |
gtttgttatgatattcaaatgttatgattccttattgtggacaggatcgaatatgtttcttattctatcatatttgatccaataacagAAAAAACTGCTAGACTACCTACTGATGTTGGGTGTTGAAAGCCAATGGGCGCCTGTTGCTGTTCGCTGCATG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtcatacctggagaattatcacctcattcgcctattatgttggaccgattgcagAAAAAGGTTTTGGACCATCTTCTGATGTTGGGAGTTGAGAGCCAATGGGCTCCTGTTGCAGTACGTTGTGCG
                                 tattatgtt  TA-rich tract