Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcatccaaatttatttcttaaaagtcatagctctagaagagggttttttttttttttttttttaaattcactaaaagctcttttcttggtattgctgcagAATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGGTTGGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0065g00640.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71865816|gb|DT014871.1|DT014871
EST:     TAGATGCGAAGCTGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAG                         AATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
genomic: TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAGgtaatcaaaa ... attgctgcagAATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
EST: gi|32248816|gb|CD714635.1|CD714635
EST:     TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAG                         AATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
genomic: TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAGgtaatcaaaa ... attgctgcagAATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
EST: gi|161713441|gb|FC063719.1|FC063719
EST:     TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAG                         AATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
genomic: TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAGgtaatcaaaa ... attgctgcagAATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
EST: gi|30327265|gb|CD010527.1|CD010527
EST:     TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAG                         AATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
genomic: TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAGgtaatcaaaa ... attgctgcagAATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
EST: gi|32249043|gb|CD714862.1|CD714862
EST:     TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAG                         AATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
genomic: TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAGgtaatcaaaa ... attgctgcagAATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
EST: gi|32269610|gb|CD718769.1|CD718769
EST:     TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAG                         AATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
genomic: TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAGgtaatcaaaa ... attgctgcagAATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
EST: gi|30327518|gb|CD010780.1|CD010780
EST:     TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAG                         AATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
genomic: TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAGgtaatcaaaa ... attgctgcagAATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
EST: gi|161713540|gb|FC063135.1|FC063135
EST:     TAGATGCGAAGCTGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAG                         AATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG
genomic: TAGATGCGAAGCAGTTATACGATGCTGTAAATGTAATTCTTTCCTTACAGgtaatcaaaa ... attgctgcagAATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttttttttttttttttaaattcactaaaagctcttttcttggtattgctgcagAATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGGTTGGAG
                       cactaaa  putative branch site (score: 2)
     tttttttttttttaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcatccaaatttatttcttaaaagtcatagctctagaagagggttttttttttttttttttttaaattcactaaaagctcttttcttggtattgctgcagAATGGAGATGGCGGCTTTGCAACCTATGAACTCACTAGATCTTATGCTTGGTTGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
tcatcca
- - - - - - - - cttaaaa
- - - - - - - - - - - - -catagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - agaagag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcttgg