Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattatctttcctctgtgcctaatgcagctagcattatgaacatgaactattttgtttctttatttttggcaacttcattttgaattttgcgcaattgacagGGCTATTTATCATGGATCTGATATATTTATGCTCGATGATGTCCTGAGTGCTGTTGATACACAAGTTGCCAGGTGCATTCTACATAATGCAATCCTGGGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0018g00310.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0018g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA13G44750.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
gtattatctttcc--tctgtgcctaatgcagctagcattatgaacatgaactattttgtttctttatttttggcaacttcattttgaattttgcgcaattgacagGGCTATTTATCATGGATCTGATATATTTATGCTCGATGATGTCCTGAGTGCTGTTGATACACAAGTTGCCAGGTGCATTCTACATAATGCAATCCTGGGG
||  || ||| |   ||| |   || |  |  |     | ||    |    |    || || |||||      |||||    ||| |||   |  ||||| ||||||| || |||||||  || ||| |  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||     | ||  |||| ||||| ||  | || 
gtgctagcttcctgttctctttttactctaattgtatatttggggtttttatgccctgattatttatcaacaacaactg---ttttaataccgttcaattaacagGGCCATGTATCATGACTCAGATGTTGTTATGCTTGATGATGTCCTGAGTGCAGTTGATGTACAAGTTGCTCAACGTATCTTACACAATGCCATTTTAGGT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctattttgtttctttatttttggcaacttcattttgaattttgcgcaattgacagGGCTATTTATCATGGATCTGATATATTTATGCTCGATGATGTCCTGAGTGCTGTTGATACACAAGTTGCCAGGTGCATTCTACATAATGCAATCCTGGGG
     ttgtttctttattttt  TA-rich tract