Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttggacttttgactcttctccaatcatcctatctaaggttggtgctttggtttctgatttatgattttgataatcttcagGTATGTACATGGGGCAGCAAATGCACAGCAATCTGCCACATCCAGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g04860.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110411694|gb|EC977417.1|EC977417
EST:     ATCATCAATGNNNNNNNAACCCCTACCTTATGTATCAGGAATGCCTCAAA                         GTATGTACATGGGGCAGCAAATGCACAGCAATCTGCCACATCCAGG
genomic: ATCATCAATGCCCCCCCAACCCCTACCTTATGTATCAGGAATGCCTCAAAgtaagttgga ... taatcttcagGTATGTACATGGGGCAGCAAATGCACAGCAATCTGCCACATCCAGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcctatctaaggttggtgctttggtttctgatttatgattttgataatcttcagGTATGTACATGGGGCAGCAAATGCACAGCAATCTGCCACATCCAGG
                                                tcttc  CT-rich tract
                               atttatgattttgata  TA-rich tract