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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagattttcaaattcaaatttgcagccattttttaggtttctttgcttctaatcacattactttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTGAGGTTGAGATTATCAAGCACTTCTGCGGAATCTAAGAAAAATTTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0077g01200.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32248391|gb|CD714210.1|CD714210
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|32267561|gb|CD716524.1|CD716524
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30324963|gb|CD008225.1|CD008225
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|110711495|gb|EE088040.1|EE088040
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|161705859|gb|FC057136.1|FC057136
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|32272042|gb|CD721201.1|CD721201
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|32270535|gb|CD719694.1|CD719694
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|32269076|gb|CD718235.1|CD718235
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30326297|gb|CD009559.1|CD009559
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|32270540|gb|CD719699.1|CD719699
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30325174|gb|CD008436.1|CD008436
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30324365|gb|CD007627.1|CD007627
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30325851|gb|CD009113.1|CD009113
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30327653|gb|CD010915.1|CD010915
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatttgcagccattttttaggtttctttgcttctaatcacattactttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTGAGGTTGAGATTATCAAGCACTTCTGCGGAATCTAAGAAAAATTTG
                              ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                         ttacttt  putative PPT
                                        attactttgttata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaagattttcaaattcaaatttgcagccattttttaggtttctttgcttctaatcacattactttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTGAGGTTGAGATTATCAAGCACTTCTGCGGAATCTAAGAAAAATTTG

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