Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaacaaataggatttaaaatggatattgcttcttggtttctgcagctgtttacctgaccttataatattcacttgctcaaatacagGAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTATACATCATCCTGTTTTCTTGATGAGAACATGCTTGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0077g00140.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18459486|gb|BM437764.1|BM437764
EST:     TAGCTTGCTTTCATCCTTCTGTTGGAGGTGGCCTTGTCTATGGAACAAAG                         GAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTAT
genomic: TAGCTTGCTTTCATCCTTCTGTTGGAGGTGGCCTTGTCTATGGAACGAAGgtgaacaaat ... tcaaatacagGAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTAT
EST: gi|30129161|gb|CB914500.1|CB914500
EST:     TAGCTTGCTTTCATCCTTCTGTTGGAGGTGGCCTTGTCTATGGAACAAAG                         GAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTAT
genomic: TAGCTTGCTTTCATCCTTCTGTTGGAGGTGGCCTTGTCTATGGAACGAAGgtgaacaaat ... tcaaatacagGAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTAT
EST: gi|30321258|gb|CD004520.1|CD004520
EST:     TAGCTTGCTTTCATCCTTCTGTTGGAGGTGGCCTTGTTTATGGAACAAAG                         GAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTAT
genomic: TAGCTTGCTTTCATCCTTCTGTTGGAGGTGGCCTTGTCTATGGAACGAAGgtgaacaaat ... tcaaatacagGAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTAT
EST: gi|30125879|gb|CB911218.1|CB911218
EST:     TAGCTTGCTTTCATCCTTCTGTTGGAGGTGGCCTTGTCTATGGAACAAAG                         GAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTAT
genomic: TAGCTTGCTTTCATCCTTCTGTTGGAGGTGGCCTTGTCTATGGAACGAAGgtgaacaaat ... tcaaatacagGAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTAT
EST: gi|32457197|gb|CD798371.1|CD798371
EST:     TAGCTTGCTTTCATCCTTCTGTTGGAGGTGGCCTTGTCTATGGAACAAAG                         GAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTAT
genomic: TAGCTTGCTTTCATCCTTCTGTTGGAGGTGGCCTTGTCTATGGAACGAAGgtgaacaaat ... tcaaatacagGAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttggtttctgcagctgtttacctgaccttataatattcacttgctcaaatacagGAAGGGAAACTCAGAATCCTCCAATATGATAGTTCTCATGGCATGAATTATACATCATCCTGTTTTCTTGATGAGAACATGCTTGAG
                    acctgac  putative branch site (score: 3)
                                        cttgctc  putative PPT
                            ttataatattcactt  TA-rich tract