Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aggtctgtctctggaaatgtggggagacattaatcacttcagttactaggtcttcttggtgttttctaagtgtttttttgcttgattaatggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGTGGAGGAGGAGCATCTGCCCTTGTTCTAGAGCTCAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0531g00050.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0531g00050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA07G39870.2 (Glycine max), 3'ss of exon 12
-----------------------------------------------------------------------aggtctgtctctggaaatgtggggagacattaatcacttcagttactaggtctt-cttggt------gttttctaagtgttttt----------ttgcttgattaa-tggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGTGGAGGAGGAGCATCTGCCCTTGTTCTAGAGCTCAT
                                                                         ||  || |   | |      | ||   |||  || | || ||  ||   ||  |||| |        |||| |  | ||| |          |  ||     || | || || ||| || | ||||||||||  ||||||||||| |||| ||  |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
gtaacttgtgaccttggttactttgtatatcattttctttcacccttggcacacaaattcttatacttctccagttagtattcagtatgccatgcagctgttatccattacattttataatcctggcttgattgctacactttccagatttttgtgatctgtggatatctcagccaagttgtattacagGTATTGAGACAGAAGAGAGGGAAGTATGGTGTTGCTGCCATCTGCAACGGGGGAGGAGGAGCATCTGCTCTTGTTCTTGAGCTCAT

upper sequence: Vv00s0531g00050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA17G00910.2 (Glycine max), 3'ss of exon 13
----------------------------------------------------------------------aggtctgtctctggaaatgtggggagacattaatcacttcagttactaggtctt-cttggt------gttttctaagtgttttt----------ttgcttgattaa-tggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGTGGAGGAGGAGCATCTGCCCTTGTTCTAGAGCTCAT--------------
                                                                        ||  || |   | ||     | ||   |||  || | || ||  ||  |||| |||| |        |||| |  | ||| |          |  |||    || | || || ||| || | || |||||||  ||||||||||| ||||  |  ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||              
gtaacatgtgaccttggttctttatatttcattttctttcacccttggcacacaaattcttatagttctctagttagtattctgtaagccatgcagctgttatccattacattttataattcttgcttgattgctacactttccagatttttgtgatctgtggatatcttagccaagttgtattacagGTATTGAGGCAGAAGAGAGGGAAGTATGGTGTTGCCGCCATCTGCAATGGGGGAGGAGGAGCATCTGCTCTTGTTCTTGAGCTCATGTAAGCCTTTTTAA

upper sequence: Vv00s0531g00050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA17G00910.1 (Glycine max), 3'ss of exon 13
----------------------------------------------------------------------aggtctgtctctggaaatgtggggagacattaatcacttcagttactaggtctt-cttggt------gttttctaagtgttttt----------ttgcttgattaa-tggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGTGGAGGAGGAGCATCTGCCCTTGTTCTAGAGCTCAT
                                                                        ||  || |   | ||     | ||   |||  || | || ||  ||  |||| |||| |        |||| |  | ||| |          |  |||    || | || || ||| || | || |||||||  ||||||||||| ||||  |  ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
gtaacatgtgaccttggttctttatatttcattttctttcacccttggcacacaaattcttatagttctctagttagtattctgtaagccatgcagctgttatccattacattttataattcttgcttgattgctacactttccagatttttgtgatctgtggatatcttagccaagttgtattacagGTATTGAGGCAGAAGAGAGGGAAGTATGGTGTTGCCGCCATCTGCAATGGGGGAGGAGGAGCATCTGCTCTTGTTCTTGAGCTCAT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30301836|gb|CB978630.1|CB978630
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCCCATTGTTAGGG                         ATATTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|30301768|gb|CB978562.1|CB978562
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|30329769|gb|CD013031.1|CD013031
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|110414965|gb|EC980831.1|EC980831
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|34362568|gb|CF404153.1|CF404153
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|110358833|gb|EC923335.1|EC923335
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTGGTATTTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|34545214|gb|CF513446.1|CF513446
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|110381509|gb|EC934651.1|EC934651
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|30298600|gb|CB975394.1|CB975394
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGGATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|110376548|gb|EC941608.1|EC941608
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|34546208|gb|CF514440.1|CF514440
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|27585769|gb|CB008464.1|CB008464
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|110378421|gb|EC943552.1|EC943552
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|110395476|gb|EC961142.1|EC961142
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
EST: gi|110361851|gb|EC925352.1|EC925352
EST:     GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGG                         ATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT
genomic: GACATCCAATAGGTTGCAGTGGTGCTCGTATCTTGGTCACATTGTTAGGGgtatgttcat ... ggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaggtcttcttggtgttttctaagtgtttttttgcttgattaatggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGTGGAGGAGGAGCATCTGCCCTTGTTCTAGAGCTCAT
                                      gattaat  putative branch site (score: 3)
                         tgttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aggtctgtctctggaaatgtggggagacattaatcacttcagttactaggtcttcttggtgttttctaagtgtttttttgcttgattaatggtgttgcagATACTAAGACAGAAGAATGGGAAGTATGGAGTTGGTGGTATCTGCAATGGTGGAGGAGGAGCATCTGCCCTTGTTCTAGAGCTCAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - ctctgga
- - - - - - - - -tgtgggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - cacttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcttgg