Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttagagggcaaaactgctattttaaattggccgctttatttagttgtatccaatcatagcacctctcatctaaatttatgattagaagttttcaactaatttatcacagGATGTTTGCTGATTCACTTGATGCGTTGCATATGAATTCAAGGCAGTCCATGAATTTAAGCCAGTCAATGAATTCAAGCCAGCCCACAGTATGTTTGTTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0250g00030.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|122690620|gb|EC955089.1|EC955089
EST:     AGCTGGGTGATGCCAACCCCTTCCTTTCTAGAGTTCATAATGTTTTCCAG                         GATGTTTGCTGATTCGCTTGATGCGTTGCATATGAATTCAAGGCAGTCCAT
genomic: AGCTGGGTGATGCCAACCCCTTCCTTTCTAGAGTTCATAATGTTTTCCAGgtaatttaga ... tttatcacagGATGTTTGCTGATTCACTTGATGCGTTGCATATGAATTCAAGGCAGTCCAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catagcacctctcatctaaatttatgattagaagttttcaactaatttatcacagGATGTTTGCTGATTCACTTGATGCGTTGCATATGAATTCAAGGCAGTCCATGAATTTAAGCCAGTCAATGAATTCAAGCCAGCCCACAGTATGTTTGTTG
                                       aactaat  putative branch site (score: 2)
                taaatttatgattaga  TA-rich tract