Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatttaaatttgtttataggaagatgtcgtagtgctcttgttctaccttctttttttaatgcagcacatagcttaaatagttgtaaatgtttcttggatatttttctgaagttcacctgccacattaatttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAGCCAGTATCTTTGGATGGAACAACCCGTGGATTTCTTGAAGATGGAGATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0187g00340.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0187g00340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA09G01270.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
gtatgatttaaatttgtttataggaagatgtcgtagtgctcttgttctaccttctttttttaatgcagcacatagcttaaatagttgtaaatgtttcttggatatttttctgaagttcacctgccacattaatttcacac---agGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAGCCAGTATCTTTGGATGGAACAACCCGTGGATTTCTTGAAGATGGAGATG
                      | |||||  | || |   |    |||| ||| ||  ||       |  | |    |     |   |      || |    |  |   || || ||||  |   | ||    ||  |||   |||| || || ||    | |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  || |||    ||  ||   |||||||||||||||||| |
----------------------gtaagattccatattttgcgcagtctaactttttgattcctgtttgttcgttctctttgagggaattctcccttttcaactgatcaact-aatttcagttaaaatatgtgcttttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAACACAGTGTCAGTGAATGAGTTAAATCGGAAATTTCTTGAAGATGGAGACG

upper sequence: Vv00s0187g00340.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA15G12100.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
gtatgatttaaatttgtttataggaagatgtcgtagtgctcttgttctaccttctttttttaatgcagcacatagcttaaatagttgtaaatgtttcttggatatttttctgaagttcacctgccacattaatttcac-acagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAGCCAGTATCTTTGGATGGAACAACCCGTGGATTTCTTGAAGATGGAGATG
                      | |||||  | || |        |||| ||| |||||    |  ||   || | |       ||  || || |      || ||    | || |  || |||        |||||| | |||| ||||| ||   || |||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||| |  || ||||   ||       ||||||||||||||||||||
----------------------gtaagattccatattttatgcagtctaacttttttttcagttagagggaattgttcct----tttcaactggtcaactaat-ttcagttaaaat--acgtgct-------tttcactatagGAGCCGGAGTCCCGGGCATGCTTGCTAGAATTAACGTGGAATGGACAAAACGCGGTACCAGTGAATGGGTTAAATAAGAAATTTCTTGAAGATGGAGATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110690312|gb|EE067299.1|EE067299
EST:     GCAACTTAAAGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAAC-ATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTA-CATGGAATGGACAAA
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAA
EST: gi|110705725|gb|EE082899.1|EE082899
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|37187151|gb|CF606504.1|CF606504
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|110363209|gb|EC926783.1|EC926783
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|110404256|gb|EC969031.1|EC969031
EST:     TTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: TTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|110402111|gb|EC968746.1|EC968746
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|110361741|gb|EC925237.1|EC925237
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|110364853|gb|EC928407.1|EC928407
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|110372453|gb|EC936619.1|EC936619
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|45771743|gb|CN007595.1|CN007595
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|110702040|gb|EE080300.1|EE080300
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|37187213|gb|CF606566.1|CF606566
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|110361518|gb|EC924998.1|EC924998
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
EST: gi|37189933|gb|CF609282.1|CF609282
EST:     GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCT                         GAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG
genomic: GCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgattta ... tttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaatgtttcttggatatttttctgaagttcacctgccacattaatttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAGCCAGTATCTTTGGATGGAACAACCCGTGGATTTCTTGAAGATGGAGATG
                                       cattaat  putative branch site (score: 3)
              atatttttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgatttaaatttgtttataggaagatgtcgtagtgctcttgttctaccttctttttttaatgcagcacatagcttaaatagttgtaaatgtttcttggatatttttctgaagttcacctgccacattaatttcacacagGAACCGGAATCTTTGGGATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAGCCAGTATCTTTGGATGGAACAACCCGTGGATTTCTTGAAGATGGAGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG