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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ataacataatatttcaggataaatttagcagtggtcttgtagcattatctagtgggtttagtgtatggtttgataggaggaaatcattcacctctttcagATTTTGATGGAGATGAAAGATTGGAGAGCAGCATTAACATATTGCAAATTAACCATTCCAGTGTATCAAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g03730.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatctagtgggtttagtgtatggtttgataggaggaaatcattcacctctttcagATTTTGATGGAGATGAAAGATTGGAGAGCAGCATTAACATATTGCAAATTAACCATTCCAGTGTATCAAA
                      gtttgat  putative branch site (score: 5)
                                      tcattcacctctttc  putative PPT
                                   aaatcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ataacataatatttcaggataaatttagcagtggtcttgtagcattatctagtgggtttagtgtatggtttgataggaggaaatcattcacctctttcagATTTTGATGGAGATGAAAGATTGGAGAGCAGCATTAACATATTGCAAATTAACCATTCCAGTGTATCAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCAG
- aacataa
- - - - - - - - ggataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtatgg
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