Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcaaactcatctttatcctgccagcttctctttctgtttttcacctgatgtttatatccctactgtgactttgtagGCATCTAACCAAGATGACAGCATGGAAAACATGGGCATTTATGGTTTATTGGCTCCTTTAAAAACTTTTGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0098g00290.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0098g00290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA14G32500.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
----------------gtaagttcaa--actcatctttatcctgc--cagcttctctttctgtttttcacctgatgtttatatccctactgtgactttgtagGCATCTAACCAAGATGACAGCATGGAAAACATGGGCATTTATGGTTTATTGGCTCCTTTAAAAACTTTTGG
                 | |  | ||   |||||   |||| ||       |  |  | | | | |     | |  | | |    || |  ||| || | ||  ||| ||  | ||||     |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| || ||| |||||||
gtaagaataacaaaaaatgatgtgaacatctcataaatatcttgtattcaatgatgatgcagatataagttttaactgt-tgcatcttccatgaatt-gcagCTATCCAATGATGATGCGGATATGGAAAATATGGGAATTCATGGTTTATTGGCTCCATTGAAAGCTTTTGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cagcttctctttctgtttttcacctgatgtttatatccctactgtgactttgtagGCATCTAACCAAGATGACAGCATGGAAAACATGGGCATTTATGGTTTATTGGCTCCTTTAAAAACTTTTGG
                     acctgat  putative branch site (score: 4)
                          atgtttatat  TA-rich tract