Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggattctctcaccattactattgcaatgggcatgcactaaaaatgctgtatattaccatcaactaccccattctttggtggtttatttgtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAATTTACGAGCCGAGAGAAGATAAATTTACGGTTAAAGATTCTATGAGTTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0068g01280.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|83276100|gb|DV940108.1|DV940108
EST:     GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGG                         GGCAGAAGCTTAGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTACGGTTTATGTAA
genomic: GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGGgtaggattct ... gtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA
EST: gi|110364030|gb|EC927670.1|EC927670
EST:     GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGG                         GGCAGAAGCTTAAGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTACGGTTTATGTAA
genomic: GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGGgtaggattct ... gtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA
EST: gi|45770351|gb|CN006203.1|CN006203
EST:     GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGG                         GGCAGAAGCTTAGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTACGGTTTATGTAA
genomic: GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGGgtaggattct ... gtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA
EST: gi|349827680|gb|FQ422548.1|FQ422548
EST:     GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTAAGGG                         GGCAGAAGCTTATGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTACGGTTTATGTAA
genomic: GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGGgtaggattct ... gtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA
EST: gi|110694446|gb|EE071558.1|EE071558
EST:     GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGG                         GGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA
genomic: GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGGgtaggattct ... gtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA
EST: gi|110688297|gb|EE066689.1|EE066689
EST:     GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGG                         GGCAGAAGCTTAAGGGCTGG
genomic: GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGGgtaggattct ... gtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGG
EST: gi|351022393|gb|FQ445168.1|FQ445168
EST:     GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTAAGGG                         GGCAGAAGCTTAGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTT
genomic: GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGGgtaggattct ... gtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTT
EST: gi|34362548|gb|CF404133.1|CF404133
EST:     GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGG                         GGCAGAAGCTTAGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTACGGTTTATGTAA
genomic: GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGGgtaggattct ... gtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA
EST: gi|351013608|gb|FQ429749.1|FQ429749
EST:     GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGG                         GGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA
genomic: GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGGgtaggattct ... gtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA
EST: gi|110400248|gb|EC966803.1|EC966803
EST:     GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGG                         GGCAGAAGCTTAGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTACGGTTTATGTAA
genomic: GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGGgtaggattct ... gtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA
EST: gi|110691735|gb|EE070173.1|EE070173
EST:     GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGG                         GGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA
genomic: GTTTGATCAAGACTGGGTTCCAGCTCCCTGTTCATTTCAAATCCTATGGGgtaggattct ... gtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctgtatattaccatcaactaccccattctttggtggtttatttgtatttgcagGGCAGAAGCTTGGGGGCTGGAGGTGGTTATGTTTATTTAGGGTTTATGTAATTTACGAGCCGAGAGAAGATAAATTTACGGTTAAAGATTCTATGAGTTG
                                      tttatttgtattt  TA-rich tract