Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaacacccttcacttgccattttctttcttggtacttgatgtgctaaactttcgagaaaagggataatatacgacacaatctgatgcataatgtgctcattgtatctgtccaacaaaagctagatatacagctgtgcactctttaggctaaactgcaactactactttcccatgcagTGTTCAACATGGGGGCAGCAAATCCGGGTGGTATGATGCCCATGCAGCAGCAACAGCAGCAGCATGGCTCACAAGGTGCATTCGGTAACATGCAACCAAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0054g00970.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0054g00970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA13G45020.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtatgaacacccttc-acttgccattttctttcttggtacttgatgtgctaaactttcgagaaaagggataatatacgacacaatc-tgatgcataatgtgctcattgtatctgtccaacaaaagctagatatacagctgtgcactctttaggctaaactgcaactact-actttcccatgcagTGTTCAACATGGGGGCAGCAAATCCGGGTGGTATGATGCCCATGCAGCAGCAACAGCAGCAGCA-TGGC--TCACAAGGTGCATTCGGTAACATGCAACCAAA
||||||||    | |    |  | || |||||     |  | | || |    | | ||     |     |  |    || |   |  |||||||      ||    ||| ||  |  |    |   |  ||||     |||| |||  |||  || ||     |||    |  || || ||||||||| |||||||| |  |  ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||   ||    ||||  ||  |||   | |||         
gtatgaactttatcctgaatatctttatcttttcatttgttagttggggatcattgtctgtgtagtttgtcctccttgaaagggttgtgatgca------gcctggtgtgtc-atttattccatcttctatatgtg--tgtg-acttatta--ctgaatcatcactgtggagcttaccttgcagTGTTTAACATGGGAGGTGGCAATCCTGGTGGTATGATGCCCATACAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAACATG-GTTCACAAGCATTTGGTAG--


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatatacagctgtgcactctttaggctaaactgcaactactactttcccatgcagTGTTCAACATGGGGGCAGCAAATCCGGGTGGTATGATGCCCATGCAGCAGCAACAGCAGCAGCATGGCTCACAAGGTGCATTCGGTAACATGCAACCAAA
                       ggctaaa  putative branch site (score: 3)
                                       ctactttccc  putative PPT