1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...ggtagtagatattagaactcgataaaggttgttgcttgctacttctgtatttgatattggtagtctttttatgctaataatttattgatgttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTGATGAAAAATCAAGCAAAAAGGTGGAGTAAGTTGAAACCCTTTCCAGCT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0009g03520.t01 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTEST: gi|110391760|gb|EC956760.1|EC956760
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTEST: gi|27580263|gb|CB002958.1|CB002958
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTEST: gi|32246622|gb|CD712441.1|CD712441
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTEST: gi|34364249|gb|CF405834.1|CF405834
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTEST: gi|110691134|gb|EE068892.1|EE068892
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTEST: gi|110361505|gb|EC924984.1|EC924984
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTEST: gi|34362254|gb|CF403839.1|CF403839
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: ATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTEST: gi|110376904|gb|EC941978.1|EC941978
genomic: ATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTEST: gi|110383384|gb|EC947755.1|EC947755
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTEST: gi|27582830|gb|CB005525.1|CB005525
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTEST: gi|110374870|gb|EC939811.1|EC939811
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
EST: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCG TTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
genomic: TTATTGGATTTATGGCTGCTCATTGCATATGGAATGGCGAAGTTAAACCGgtttgtttga ... ttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGT
tgtatttgatattggtagtctttttatgctaataatttattgatgttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTGATGAAAAATCAAGCAAAAAGGTGGAGTAAGTTGAAACCCTTTCCAGCT
tttttatgctaataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggtagtagatattagaactcgataaaggttgttgcttgctacttctgtatttgatattggtagtctttttatgctaataatttattgatgttatatgcagTTGTTGGAGTTTGATGAATCTAAGACTGCTAGCTCATCAAAAGATGATGGTGATGAAAAATCAAGCAAAAAGGTGGAGTAAGTTGAAACCCTTTCCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - gataaag
- - - - - - - - - - - - - - - - -gcttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttctgt