1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...ttaaaccaactgaggtcctagtacaggttttacatggttggggatataattctggtgaaaagcagtgggtattaatagtgaacataattttcttttgcagGCAGCTATTAGGCCACCTACATTTGTTTTTTTTGTTAATGATGCTAAACTTTTCCCTGAAACTTATCGGCGTTATATGGAGAAGCAACTACGTTCAGATG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0004g02070.t01 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCCAAGGACCAGAGGTGGGAAGAGAGGACGTGTTTATTATTGTACTCAG GCAGCTATTAGGCCACCTACATTTGNNNNNNNNGTTAATGATGCTAAACTTEST: gi|110691192|gb|EE069014.1|EE069014
genomic: CTCCAAGGAACAGAGGTGGGAAGAGAGGACGTGTTTATTATTGTACTCAGgtactgcatc ... tcttttgcagGCAGCTATTAGGCCACCTACATTTGTTTTTTTTGTTAATGATGCTAAACTT
EST: CTCCAAGGAACAGAGGTGGGAAGAGAGGACGTGTTTATTATTGTACTCAG GCAGCTATTAGGCCACCTACATTTGNNNNNNNNGTTAATGATGCTAAACTT
genomic: CTCCAAGGAACAGAGGTGGGAAGAGAGGACGTGTTTATTATTGTACTCAGgtactgcatc ... tcttttgcagGCAGCTATTAGGCCACCTACATTTGTTTTTTTTGTTAATGATGCTAAACTT
ataattctggtgaaaagcagtgggtattaatagtgaacataattttcttttgcagGCAGCTATTAGGCCACCTACATTTGTTTTTTTTGTTAATGATGCTAAACTTTTCCCTGAAACTTATCGGCGTTATATGGAGAAGCAACTACGTTCAGATG
tattaat putative branch site (score: 2)
ttttcttttgc putative PPT
tattaatagtgaacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttaaaccaactgaggtcctagtacaggttttacatggttggggatataattctggtgaaaagcagtgggtattaatagtgaacataattttcttttgcagGCAGCTATTAGGCCACCTACATTTGTTTTTTTTGTTAATGATGCTAAACTTTTCCCTGAAACTTATCGGCGTTATATGGAGAAGCAACTACGTTCAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- aaaccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ggttggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacataa