Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcataacagtatacctttccaatcggtatgcatctctaacaaaaagtaacaagaattttatggatgatgtgtaaccgaaaaattattttgggtgaaattcagATGACCGGCCCAAGTATGCATGTCTTCAGGCTATACTTTATGGCCCCTACCTTCTTGTGGGTTTGACTAACAATGACTGGGACATCCAAACCGATTTGGC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g01650.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27586278|gb|CB008973.1|CB008973
EST:     CAAGTTGACCCTACAGCTGCCCATTGCATTAAGAACAGAGGCTATCAAAG                         ATGACCGGCCCAAGTATGCATGTCTTCAGGCTATACTTTATGGCCCCTACC
genomic: CAAGTTGACCCTACAGCTGCCCATTGCATTAAGAACAGAGGCTATCAAAGgtaagttcat ... tgaaattcagATGACCGGCCCAAGTATGCATGTCTTCAGGCTATACTTTATGGCCCCTACC
EST: gi|37184261|gb|CF603615.1|CF603615
EST:     CAAGTTGACCCTACAGCTGCCCATTGCATTAAGAACAGAGGCTATCAAAG                         ATGACCGGCCCAAGTATGCATGTCTTCAGGCTATACTTTATGGCCCCTACC
genomic: CAAGTTGACCCTACAGCTGCCCATTGCATTAAGAACAGAGGCTATCAAAGgtaagttcat ... tgaaattcagATGACCGGCCCAAGTATGCATGTCTTCAGGCTATACTTTATGGCCCCTACC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacaagaattttatggatgatgtgtaaccgaaaaattattttgggtgaaattcagATGACCGGCCCAAGTATGCATGTCTTCAGGCTATACTTTATGGCCCCTACCTTCTTGTGGGTTTGACTAACAATGACTGGGACATCCAAACCGATTTGGC
                              aaaaattatttt  TA-rich tract