Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttctcttaattccaccttacaatgtatctttcactaatttggttgactgcatgctcccctaccaaaaatatatatgcatactaatcaagttccttgctatgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAACATGTATACCATGATAACTGGAAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0094g01550.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA05G30140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
gtgagtttctcttaattccaccttacaatgtatctttcactaatttggttgactgcatgctcccctaccaaaaatatatatgcatactaatcaagttccttgctatgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAACATGTATACCATGATAACTGGAAAG
            | | |  ||       |||       | |||| |   || |   ||| |   |     | ||||      |||| | |  ||  |  |||         ||||||||||||||| || || || |||||||| |||||    || || ||||||||||||||  ||||||||||||||
-----------gtgagtttactcagtggtgt------tattaatatttgtg-ccatatgttgatcggttgacaatac-----catattta--aaactttttg---------acagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG

upper sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA08G13300.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
gtgagtttctcttaattccaccttacaatgtatctttcactaatttggttgactgcatgctcccctaccaaaaatatatatgcatactaatcaagttccttgctatgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAACATGTATACCATGATAACTGGAAAG
                                         | |||  |    |           | | | |  |  ||| |   || |||   ||   |     |  |  ||||||||||||||| || || || |||||||| || ||    ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||
--------------------------------------gtgagtttactctggtattaatatttgtgctatatgttgataggttgac-aataccgtatttaaaactttttgacagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACCGTGGATGATGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG

upper sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA05G30140.2 (Glycine max), 3'ss of exon 11
gtgagtttctcttaattccaccttacaatgtatctttcactaatttggttgactgcatgctcccctaccaaaaatatatatgcatactaatcaagttccttgctatgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAACATGTATACCATGATAACTGGAAAG
                      ||||   ||    || | |||| |   || |   ||| |   |     | ||||      |||| | |  ||  |  |||         ||||||||||||||| || || || |||||||| |||||    || || ||||||||||||||  ||||||||||||||
--------------------gtttactcagtggtgtt-attaatatttgtg-ccatatgttgatcggttgacaatac-----catattta--aaactttttg---------acagAGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22007169|gb|BQ792203.1|BQ792203
EST:     GATTTGAACCGGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCCCAACCCATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|110371128|gb|EC934907.1|EC934907
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCCTCA-
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGC-TCAA
EST: gi|33406671|gb|CF212298.1|CF212298
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|352777878|gb|FQ466931.1|FQ466931
EST:     GATTTGAACCCGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|352782310|gb|FQ470212.1|FQ470212
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|71873773|gb|DT022828.1|DT022828
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|110692608|gb|EE072046.1|EE072046
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|110728096|gb|EE103364.1|EE103364
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|110731100|gb|EE108936.1|EE108936
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|37188887|gb|CF608236.1|CF608236
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|30323326|gb|CD006588.1|CD006588
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|30137389|gb|CB922727.1|CB922727
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|33406756|gb|CF212383.1|CF212383
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGGATCA-
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGC-TCAA
EST: gi|110371769|gb|EC935892.1|EC935892
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|352768234|gb|FQ469409.1|FQ469409
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAT
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|71888788|gb|DT037843.1|DT037843
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|110692538|gb|EE071896.1|EE071896
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
EST: gi|110418003|gb|EC984109.1|EC984109
EST:     GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACA                         AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC
genomic: GATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttct ... tgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcccctaccaaaaatatatatgcatactaatcaagttccttgctatgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAACATGTATACCATGATAACTGGAAAG
                        tactaat  putative branch site (score: 1)
         aaaaatatatatgcat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtttctcttaattccaccttacaatgtatctttcactaatttggttgactgcatgctcccctaccaaaaatatatatgcatactaatcaagttccttgctatgctcaacagAGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAACATGTATACCATGATAACTGGAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA