Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatgttctcttagacatattttatgaacctgcttaacactgagtacctttgtttcatttgatgtaatgttacttatggaattttattccttatgtggcagGATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATATGTTGTTGGCCACATATGTCCTGAAGCACAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0051g00830.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0051g00830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os08g44530.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 11
-tatgttctcttagacatattttatgaacctgcttaacactgagtacctttgtttcatttgatgtaatgttacttatggaattttattccttatgtggcagGATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATATGTTGTTGGCCACATATGTCCTGAAGCACAT
 || ||| ||||     | | || ||||  ||  | | |   | |  | ||||  ||  ||||  ||| ||     || |  || |  | | |     |||||   |||  || |||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| 
gta-gttatcttgc---tgtcttctgaa--tgtctgata---actttccttgtgacagctgat-caatatttaacttgta--ttcaaacatcact--acagGAGTGTGCCCTGCTGACCGATGGCAGATTTTCTGGAGGATCACATGGATTTGTTGTAGGCCACATTTGTCCTGAAGCACAG

upper sequence: Vv05s0051g00830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: AC234528.1_FGT005 (Zea mays), 3'ss of exon 11
tatgttctcttagacatattttatgaacctgctta--acactgagtac-ctttgtttcatttgatgtaatgttacttatggaattttattccttatgtggcagGATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATATGTTGTTGGCCACATATGTCCTGAAGCACAT
||  ||    ||||   |     ||  ||||   |  || |||  ||  |||   | ||  |||||| ||      |     | |        |   |  |||||    ||  || |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| 
taccttgatctagatgcac---gtgtgcctggccactaccctggttattcttcactacagctgatgtgataacctcttaaccagtgcccaatctccattacagGAGTGCGCCCTGCTGACAGATGGTAGATTTTCAGGAGGCTCACATGGATTTGTTGTCGGCCACATATGCCCTGAAGCACAG

upper sequence: Vv05s0051g00830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G014069_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
--tatgttctcttagacatattttatgaacctgcttaacactgagtac-ctttgtttcatttgatgtaatg-ttacttatggaattttattccttatgtggcagGATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATATGTTGTTGGCCACATATGTCCTGAAGCACAT
   ||||   | | |  |   |       | | | | | | |   ||  |||   | || ||||||| ||     ||||   |||       ||    |  |||||    ||  || |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||| 
tgcatgtgtgcctggcaactatcctc---ctttcatcagattagttattcttcactacagttgatgtgataacctcttaaccaatgcccaatctc-cattacagGAGTGCGCCCTGCTGACAGATGGTAGATTTTCTGGAGGGTCACATGGATTTGTTGTCGGTCACATATGCCCTGAAGCACAG

upper sequence: Vv05s0051g00830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA13G27810.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
tatgttctcttagacatattttatgaacctgcttaacactgagtacctttgtt-tcatttgatgt--aatgttacttatggaattttattcctt-atgtggcagGATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATATGTTGTTGGCCACATATGTCCTGAAGCACAT
    |  |  |||| |      |||    |    | |  |  | | | |  |  | |    |||    |||  | ||   | || || |   || ||   |||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| 
----tatttgtagaaactgaaaatgtctttttcaagctttatgaatcataataatgaacctatgctggatggcatttcaagcatattgtcttttgatactgcagGAAGTTGCATTATTGACTGATGGAAGATTTTCAGGAGGTTCACATGGATTTGTGGTTGGCCATATATGTCCTGAAGCACAG

upper sequence: Vv05s0051g00830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: AT3G23940.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
tatgttctcttagacatattttatgaacctgcttaac-actgagtacctttgtttcatttgatgtaatgttacttatggaattttattccttatgtg--gcagGATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATATGTTGTTGGCCACATATGTCCTGAAGCACAT
  | | ||  | |   |    ||  || ||  ||| | |||  || | | |     |    |  | || | |  |    |  | |     ||  |||  ||||||   ||| ||  |||||||||||||||| || || || ||||| || | ||||||||||||||| || |||||||| || 
-ttatgcttatggtagtgaccta--aatctttttatctactttgtccatatccgagaacacaccttatataaagtgccaatatgttgctattgggtgatgcagGAATGTGCATTACTGACTGATGGTAGGTTCTCTGGTGGGTCACACGGTTTTGTTGTTGGCCACATTTGCCCTGAAGCTCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37188832|gb|CF608181.1|CF608181
EST:     CAATAATGGGAGCAGGTCTTGGGAAC                         GATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATAT
genomic: CAATAATGGGAGCAGGTCTTGGGAAGgtatagatca ... tatgtggcagGATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATAT
EST: gi|30320752|gb|CD004014.1|CD004014
EST:     CCGAAATGTTGACTCCAACAAGC-CAATAATGGGAGCAGGTCTTGGGAAG                         GATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATAT
genomic: CTGAAATGTTGACTCCAACAAGCGCAATAATGGGAGCAGGTCTTGGGAAGgtatagatca ... tatgtggcagGATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATAT
EST: gi|110732410|gb|EE107670.1|EE107670
EST:     CCGAAATGTTGACTCCAACAAGCGCAATAATGGGAGCAGGTCTTGGGAAG                         GATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATAT
genomic: CTGAAATGTTGACTCCAACAAGCGCAATAATGGGAGCAGGTCTTGGGAAGgtatagatca ... tatgtggcagGATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cctttgtttcatttgatgtaatgttacttatggaattttattccttatgtggcagGATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATATGTTGTTGGCCACATATGTCCTGAAGCACAT
          atttgat  putative branch site (score: 5)
                                   ttttattcctt  putative PPT
                           ttatggaattttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatgttctcttagacatattttatgaacctgcttaacactgagtacctttgtttcatttgatgtaatgttacttatggaattttattccttatgtggcagGATGTTGCTTTGTTGACTGATGGTAGGTTTTCAGGAGGTTCACATGGATATGTTGTTGGCCACATATGTCCTGAAGCACAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - -cctgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttatgg