Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatactgattttcttttctctggttgcttatgtaaattgtttagtccgtcaatctcacaaaatgtgaacaacttggatatgtagtgcttcagttagtgttatagagttaaggttatttttaatgaaatctccttttgagtaaccattttgaggtattatggtatcagGATGATGACATAGTCAACATTTGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGGGCTAGATGTTCTCTCAAATGTGTTTGGGGATGAGATTCTTCCAACAATGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0038g02830.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv03s0038g02830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA20G24040.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
gtatgatactgattttcttttctctggttgcttatgtaaattgtttagtccgtcaatctcacaaaatgtgaacaacttggatatgtagtgcttcagttagtgttatagagttaaggttatttttaatgaaatctccttttgagtaaccattttgaggtattatggtatcagGATGATGACATAGTCAACATTTGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGGGCTAGATGTTCTCTCAAATGTGTTTGGGGATGAGATTCTTCCAACAATGA
||||| |    | || || |  |  | ||||||||   |||| |||  |   |    ||  |   || | |     | || | |||   ||||  |  |  | |  |  | |||   |||  ||    ||      |||  ||| |  | ||| |  | | ||  |  |||||||||||  | |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||  | |
gtatgttgt--acttactctatt--gattgcttattctaattatttgattaattttcctgcccttatttaa-----tagggtttgtgtagcttttg--aaagatgaaatgataaaaatatgctttgctaa------tttgaagtca--aattttatttttcatatttacagGATGATGATGTTGTCAACACATGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGCTCTTGATATTCTTTCAAATGTGTTTGGAGATGAGATCCTTCCAACTCTTA

upper sequence: Vv03s0038g02830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA10G42960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
gtatgatactgattttcttttctctggttgcttatgtaaattgtttagtccgtcaatctcacaaaatgtgaacaacttggatatgtagtgcttcagttagtgttatagagttaaggttatttttaatgaaatctccttttgagtaaccattttgaggtattatggtatcagGATGATGACATAGTCAACATTTGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGGGCTAGATGTTCTCTCAAATGTGTTTGGGGATGAGATTCTTCCAACAATGA
||||| |    | ||||| |  |  | ||||||||   |||| |||  |   |    ||  |   || | |     | || | |||   ||||  |  ||    |  || | ||   |  |||         ||  |||  ||| |  |  || |  | |  |  |  |||||||| ||  | |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||  | |
gtatgttgt--actttctctatt--gattgcttattctaattatttgattaattttcctgcccttatttaa-----tagggtgtgtgtagcttttgaaagaaggaatga-taaaaaatgctttg--------ctaatttgaagtca--aactttatttttcctatttacagGATGACGATGTTGTCAACACATGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGCTCTTGATATTCTTTCAAATGTGTTTGGAGATGAGATCCTTCCGACTCTTA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatttttaatgaaatctccttttgagtaaccattttgaggtattatggtatcagGATGATGACATAGTCAACATTTGGAATTTACGGAAATGCAGTGCAGCTGGGCTAGATGTTCTCTCAAATGTGTTTGGGGATGAGATTCTTCCAACAATGA
                        gagtaac  putative branch site (score: 2)
     tttaatgaaat  TA-rich tract