Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttatatcatagttgtgtaatctgttatcttctatggacatatggagtaggaactaggaaccgtttgtcttgatgtaattctcatccttgtagTTGGATTTTGCCATATGGGAGCCACCTCATGGGCATTATAGAATGTTCCACTATCCTTGGAAAAGCTATGTTAAAGTAAGTGGTGCATTAAGGCATTGCG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0011g03290.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110717755|gb|EE093887.1|EE093887
EST:     ACAATGGCTATAGATCAGTTGTACAATCTACAAGCCAAGAGGACTCCCTG                         TTGGATTTTGCCATATGGGAGCCACCTCATGGGCATTATAGAATGTTCCAC
genomic: ACAATGGCTATAGATCAGTTGTACAATCTACAAGCCAAGAGGACTCCCTGgtatgcttat ... atccttgtagTTGGATTTTGCCATATGGGAGCCACCTCATGGGCATTATAGAATGTTCCAC
EST: gi|34545764|gb|CF513996.1|CF513996
EST:     ACAATGGCTATAGATCAGTTGTACAATCTACAAGCCAAGAGGACTCCCTG                         TTGGATTTTGCCATATGGGAGCCACCTCATGGGCATTATAGAATGTTCCAC
genomic: ACAATGGCTATAGATCAGTTGTACAATCTACAAGCCAAGAGGACTCCCTGgtatgcttat ... atccttgtagTTGGATTTTGCCATATGGGAGCCACCTCATGGGCATTATAGAATGTTCCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catatggagtaggaactaggaaccgtttgtcttgatgtaattctcatccttgtagTTGGATTTTGCCATATGGGAGCCACCTCATGGGCATTATAGAATGTTCCACTATCCTTGGAAAAGCTATGTTAAAGTAAGTGGTGCATTAAGGCATTGCG
                             tcttgat  putative branch site (score: 4)
                                        ttctcatcctt  putative PPT
                                  atgtaatt  TA-rich tract