Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gctctttaagtttattgctttagccaaacatatatccataatcttggatcttgaaccaggatatatgtttttgaatgcttacaattctacttgtttccagTTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGGCCTCATCATGGAGCTTGAAGAATGCAAAGTCACTGCATACACGGATACA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0011g00500.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71879732|gb|DT028787.1|DT028787
EST:     CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAG                         TTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG
genomic: CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAGgtgacctaca ... ttgtttccagTTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG
EST: gi|71877796|gb|DT026851.1|DT026851
EST:     CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAG                         TTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG
genomic: CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAGgtgacctaca ... ttgtttccagTTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG
EST: gi|71878342|gb|DT027397.1|DT027397
EST:     CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAG                         TTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG
genomic: CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAGgtgacctaca ... ttgtttccagTTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG
EST: gi|71878071|gb|DT027126.1|DT027126
EST:     CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAG                         TTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG
genomic: CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAGgtgacctaca ... ttgtttccagTTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG
EST: gi|71879077|gb|DT028132.1|DT028132
EST:     CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAG                         TTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG
genomic: CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAGgtgacctaca ... ttgtttccagTTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG
EST: gi|71880088|gb|DT029143.1|DT029143
EST:     CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAG                         TTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG
genomic: CAGTGAGAGAAGCTCAATTCTTATAGAGCATTTCATGGAGACTGGCCAAGgtgacctaca ... ttgtttccagTTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggatcttgaaccaggatatatgtttttgaatgcttacaattctacttgtttccagTTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGGCCTCATCATGGAGCTTGAAGAATGCAAAGTCACTGCATACACGGATACA
                              tgcttac  putative branch site (score: 2)
                                       ttctacttgtttcc  putative PPT
               atatatgtttttgaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gctctttaagtttattgctttagccaaacatatatccataatcttggatcttgaaccaggatatatgtttttgaatgcttacaattctacttgtttccagTTTTATCCCCACAAGAGGTCTCTAAGATGGAACATGTTCTACCTTTATGGGCCTCATCATGGAGCTTGAAGAATGCAAAGTCACTGCATACACGGATACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - -ccaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgct