1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...gtatgagttagcaattgagctgggatctttcaattgaactaggttctttcctggctatgtgaggtaagatttaataagatctattttgtctccttcacagCATGTGCTAGACTCCAGTGCATCAGATCTTGATGAGCAACGGTCAGTTGTATTGCAAGTTCTCCAGCAGATAGGAGTATCTGAGGAGAAGCTTCAGAACA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0734g00020.t01 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ctttcctggctatgtgaggtaagatttaataagatctattttgtctccttcacagCATGTGCTAGACTCCAGTGCATCAGATCTTGATGAGCAACGGTCAGTTGTATTGCAAGTTCTCCAGCAGATAGGAGTATCTGAGGAGAAGCTTCAGAACA
atttaat putative branch site (score: 4)
tctattttgtctcctt putative PPT
taagatttaataagat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgagttagcaattgagctgggatctttcaattgaactaggttctttcctggctatgtgaggtaagatttaataagatctattttgtctccttcacagCATGTGCTAGACTCCAGTGCATCAGATCTTGATGAGCAACGGTCAGTTGTATTGCAAGTTCTCCAGCAGATAGGAGTATCTGAGGAGAAGCTTCAGAACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - gagctgg
- - - - - - - - - - - - - - - -aattgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aataaga