Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaactatttaatttctgttaattatgactgatactttgggttgcttgtgcttttgcttgagtttgtttttaatgtgattgacttcattggcagCCATTTCATTTGGAGCTAAATTTCTTCAATAGAGAGAATCGTGTGCTTCATTATCCAGTCAGGGCCTTTTATGTGGATGGTGTTAACCTTATGGCATATA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0379g00020.t01
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0379g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
lower sequence: AT3G50590.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 13
gtaactatttaatttctgttaattatgactgatactttgggttgcttgtgcttttgcttgagtttgtttttaatgtgattgacttcattggcagCCATTTCATTTGGAGCTAAATTTCTTCAATAGAGAGAATCGTGTGCTTCATTATCCAGTCAGGGCCTTTTATGTGGATGGTGTTAACCTTATGGCATATA
                       | | |||| |  || | ||| ||| |   |    |    ||| |   | |  ||||||  ||   || |||||||||||||||||||| |||||||||||||     ||| | || ||||||||||| || ||| |||||||| | || ||  ||||||| |||||  | |
--------------------gcatgtaactgttgtttagtgtttcttttctgtagtatctgatttatgcctgac-tgattggattatctgacagCCATTTCATTTGGAGCTGAATTTCTTCAATAAGCCAAATAGAGTTCTTCATTATCCTGTGAGGTCCTTTTATATCGAGGGCCTTAACCTCATGGCTCACA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggttgcttgtgcttttgcttgagtttgtttttaatgtgattgacttcattggcagCCATTTCATTTGGAGCTAAATTTCTTCAATAGAGAGAATCGTGTGCTTCATTATCCAGTCAGGGCCTTTTATGTGGATGGTGTTAACCTTATGGCATATA
                                     gattgac  putative branch site (score: 3)
                                           cttcatt  CT-rich tract
                     agtttgtttttaat  TA-rich tract