Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagggttgacatgttttttcatggctaattttgactgacttttcatacttttgtactaaatgcatgagttaatttgtcgtgttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGGTCTGCATGATACCATGTGCTCTGCCTGTTCAATGGCAGTTGTCTGGATA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0090g00830.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352789999|gb|FQ479609.1|FQ479609
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349814602|gb|FQ399242.1|FQ399242
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349811128|gb|FQ406140.1|FQ406140
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349818053|gb|FQ408828.1|FQ408828
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349817267|gb|FQ405271.1|FQ405271
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349811678|gb|FQ409675.1|FQ409675
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349811177|gb|FQ406165.1|FQ406165
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|110362682|gb|EC926231.1|EC926231
EST:     ATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349807900|gb|FQ402291.1|FQ402291
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|352798701|gb|FQ480726.1|FQ480726
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349809773|gb|FQ398398.1|FQ398398
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|351036374|gb|FQ458749.1|FQ458749
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349818969|gb|FQ411664.1|FQ411664
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349816754|gb|FQ399622.1|FQ399622
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|351051626|gb|FQ450178.1|FQ450178
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349817835|gb|FQ407824.1|FQ407824
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349814554|gb|FQ399194.1|FQ399194
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349810986|gb|FQ405974.1|FQ405974
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|349820442|gb|FQ406998.1|FQ406998
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCCAGGCGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCCTGGATGAGAACAAAACCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
EST: gi|351037515|gb|FQ460714.1|FQ460714
EST:     ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAG                         TATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG
genomic: ATCTGCTCACAAATTGGTTTGTGCGCTTTCAATGGTATTCGAGGTGTTAGgtcagggttg ... ttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gacttttcatacttttgtactaaatgcatgagttaatttgtcgtgttatgttcagTATGGGCATTGAGAGTGTCGTGGATGAGAACAATAGCAAGGCATCTGATGGTCTGCATGATACCATGTGCTCTGCCTGTTCAATGGCAGTTGTCTGGATA
                              agttaattt  TA-rich tract