Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggcatagtagaaattgttaaaggaacaagccttcagagatcattatattgttaattgccttaatcataatttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAGACCTGGAGGTGGCAGTAAAAGGGGCT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00880.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G128114_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 9
------------gttggcatagtagaaattgttaaaggaacaagcctt-----cagagatcattatattgttaattgccttaatcataatt--tttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAGACCTGGAGGTGGCAGTAAAAGGGGCT
             | | | |  |   ||   ||  | |  |   | ||     | |||| | ||  ||  | |    |   ||  ||||||  ||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| ||||||||| | || || || || |||||   |
atttttttgaacatagtcttgttttgaaggtttgtatgctctgtcatttcagtctgagaccttttaatgatgatgctcacaaaaaataattattttttagGTCTCTTTGGAACTTGGTGGGAATGCACCTTGCATTGTTTTTGATGATGCAGACATTGATGTTGCTGTTAAAGGCAGT

upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA08G17450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
------gttggcatagt-agaaattgttaaaggaacaagccttcagagatcattat-attgttaattgccttaatcataatttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAGACCTGGAGGTGGCAGTAAAAGGGGCT
       | |  || || |  ||||  |  |   |||||  |  |  |||  || | |   |||  |   |   |  | |  || | |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||  ||
gtatgcttagatattgtcatgaatttcttcaaatacaagattagaaggattttttttaccattatatatatgccttttgaacttcc-agGTATCTCTTGAACTCGGTGGCAATGCACCTTGCATAGTTTTTGATGATGCTGACCTGGATGTTGCAGTAAAAGGAACT

upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA15G41690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
------gttggcatagtag-aaattgttaaaggaacaagccttcagagatcattatattgttaattgccttaatcataatttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAGACCTGGAGGTGGCAGTAAAAGGGGCT
       | |  || || |  ||||  |  |   ||| |   | | | ||| | || || |  ||     |     |     ||| |||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||  ||
gtatgcttagatattgttgtgaatttcttcaaatacaggatct-atacatcttgatcttatatatatatatgccttttgaacttccagGTATCTCTTGAACTCGGCGGCAATGCACCTTGCATAGTTTTTGATGATGCTGACCTGGATGTTGCAGTAAAAGGAACT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349825250|gb|FQ417971.1|FQ417971
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|351040417|gb|FQ434550.1|FQ434550
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|110688026|gb|EE066106.1|EE066106
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|351042224|gb|FQ442691.1|FQ442691
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|30302041|gb|CB978835.1|CB978835
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|351028680|gb|FQ446353.1|FQ446353
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|29785203|gb|CB341997.2|CB341997
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAACTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|351027073|gb|FQ439934.1|FQ439934
EST:     CAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|351022813|gb|FQ428722.1|FQ428722
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|349827719|gb|FQ422587.1|FQ422587
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|110712816|gb|EE088195.1|EE088195
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|77587321|gb|DV222801.1|DV222801
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|351018416|gb|FQ439228.1|FQ439228
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|349820783|gb|FQ404157.1|FQ404157
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|161718701|gb|FC066339.1|FC066339
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|349832930|gb|FQ423052.1|FQ423052
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|34543124|gb|CF511356.1|CF511356
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|110393201|gb|EC958271.1|EC958271
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|110377270|gb|EC942333.1|EC942333
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGT
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGT
EST: gi|29785173|gb|CB341929.2|CB341929
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAACTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|351029837|gb|FQ427677.1|FQ427677
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|30251721|gb|CB969454.1|CB969454
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATACA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|351028364|gb|FQ427260.1|FQ427260
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|351040173|gb|FQ425259.1|FQ425259
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGACGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
EST: gi|351033667|gb|FQ462197.1|FQ462197
EST:     CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAG                         GTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA
genomic: CAGCTGTCGGAAAGAAGTTGATGGCTGGTGCAGCTCAGACTGTTAAAAAGgttggcatag ... atttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacaagccttcagagatcattatattgttaattgccttaatcataatttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAGACCTGGAGGTGGCAGTAAAAGGGGCT
                                              tttttct  CT-rich tract
               atcattatattgttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggcatagtagaaattgttaaaggaacaagccttcagagatcattatattgttaattgccttaatcataatttttctagGTATCTCTGGAACTTGGTGGTAATGCACCTTGCATAATCTTTGACGATGCAGACCTGGAGGTGGCAGTAAAAGGGGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG