Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatgatcatagacatgcttaattgtttctccttcttgatatatggccataattcaggtgatctaacttgatttttgttggctatattttgttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0027g01660.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351013338|gb|FQ425043.1|FQ425043
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351056299|gb|FQ454160.1|FQ454160
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351019880|gb|FQ439697.1|FQ439697
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|349829098|gb|FQ419630.1|FQ419630
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351021566|gb|FQ429670.1|FQ429670
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|349828467|gb|FQ417209.1|FQ417209
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351015245|gb|FQ445529.1|FQ445529
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|352786284|gb|FQ478895.1|FQ478895
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351014040|gb|FQ434192.1|FQ434192
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|349824097|gb|FQ417484.1|FQ417484
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351014258|gb|FQ434847.1|FQ434847
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351019573|gb|FQ439390.1|FQ439390
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351030963|gb|FQ438999.1|FQ438999
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351030959|gb|FQ438995.1|FQ438995
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351015056|gb|FQ444345.1|FQ444345
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGCGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351052152|gb|FQ450722.1|FQ450722
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
EST: gi|351036687|gb|FQ457400.1|FQ457400
EST:     A-TTATCCGTGATTTCAAGACTGAAGACAGTTTATGCTATGTTTTCATTG                         AATTTGAAACCAATGAGGTATGTGAACCAGCATATTTTAAGATGG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAGATGG
EST: gi|349832490|gb|FQ421051.1|FQ421051
EST:     AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTG                         AATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
genomic: AATTATCCGTGATTTCAAGACTGGAGACAGTTTATGCTATGCTTTCATTGgtgagcacaa ... gttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gccataattcaggtgatctaacttgatttttgttggctatattttgttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG
                                         ttttgtt  CT-rich tract
                                     tatattttgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atatgatcatagacatgcttaattgtttctccttcttgatatatggccataattcaggtgatctaacttgatttttgttggctatattttgttgtggcagAATTTGAGACCAATGAGGCATGTGAACAAGCATATTTTAAG

- - - - - - acatgct
- - - - - - - - - - - - - - ctccttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatggcc