1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtggtttacgtttaccactttggggtcttactcttttggtttccaagtgaatggtgttatatctgtatataaggtgtattaacatatttaaaagcattctaaattattttgctgcgatgtgaccagAGAAAGCTCGGTTGCAAGCAGAAGCCAAAGCTGCTGAAGATGCTCGAAGGCGGGCTGAAGCAGAGGCTGCAGCTGAAGCTAAGAAGAAGAGGGAGCTTGA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0171g00380.t01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGAGAGAGGAACTTGAAATGCAGAGAAGGAAAG AGAAAGCTCGGTTGCAAGCAGAAGCCAAAGCTGCTGAAGATGCTCGAAGGCEST: gi|110728152|gb|EE103469.1|EE103469
genomic: GAGAGAGAGGAACTTGAAATGCAGAGAAGGAAAGgtggtttacg ... atgtgaccagAGAAAGCTCGGTTGCAAGCAGAAGCCAAAGCTGCTGAAGATGCTCGAAGGC
EST: TGAAAAACTGCGCCGCGAGAGAGAGGAACTTGAAATGCAGAGAAGGAAAG AGAAAGCTCGGTTGCAAGCAGAAGCCAAAGCTGCTGAAGATGCTCGAAGGCEST: gi|87585678|gb|DY474299.1|DY474299
genomic: TGAAAAACTGCGCCGCGAGAGAGAGGAACTTGAAATGCAGAGAAGGAAAGgtggtttacg ... atgtgaccagAGAAAGCTCGGTTGCAAGCAGAAGCCAAAGCTGCTGAAGATGCTCGAAGGC
EST: TGAAAAACTGCGCCGCGAGAGAGAGGAACTTGAAATGCAGAGAAGGAAAG AGAAAGCTCGGTTGCAAGCAGAAGCCAAAGCTGCTGAAGATGCTCGAAGGC
genomic: TGAAAAACTGCGCCGCGAGAGAGAGGAACTTGAAATGCAGAGAAGGAAAGgtggtttacg ... atgtgaccagAGAAAGCTCGGTTGCAAGCAGAAGCCAAAGCTGCTGAAGATGCTCGAAGGC
aggtgtattaacatatttaaaagcattctaaattattttgctgcgatgtgaccagAGAAAGCTCGGTTGCAAGCAGAAGCCAAAGCTGCTGAAGATGCTCGAAGGCGGGCTGAAGCAGAGGCTGCAGCTGAAGCTAAGAAGAAGAGGGAGCTTGA
tattaacatatttaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtggtttacgtttaccactttggggtcttactcttttggtttccaagtgaatggtgttatatctgtatataaggtgtattaacatatttaaaagcattctaaattattttgctgcgatgtgaccagAGAAAGCTCGGTTGCAAGCAGAAGCCAAAGCTGCTGAAGATGCTCGAAGGCGGGCTGAAGCAGAGGCTGCAGCTGAAGCTAAGAAGAAGAGGGAGCTTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT