Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgatcaagttgaattattctctctggatcttggttgtttcaattctcatcctaaattcaagtttgcttcaacttttttttttctttttttctttttttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGTCCTAACTATCAGACTGGCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAAC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0060g00550.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33402711|gb|CF208338.1|CF208338
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45771480|gb|CN007332.1|CN007332
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|71870972|gb|DT020027.1|DT020027
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAN                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|29783688|gb|CB350023.2|CB350023
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|30300959|gb|CB977753.1|CB977753
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATTTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|33410181|gb|CF215808.1|CF215808
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|30253173|gb|CB970724.1|CB970724
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|30301408|gb|CB978202.1|CB978202
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTTTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|30256368|gb|CB972211.1|CB972211
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|33404234|gb|CF209861.1|CF209861
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAAAAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGG
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAA-TGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGG
EST: gi|29783867|gb|CB350325.2|CB350325
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45770305|gb|CN006157.1|CN006157
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGGAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|71890536|gb|DT039591.1|DT039591
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|71870674|gb|DT019729.1|DT019729
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|83275433|gb|DV939441.1|DV939441
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|33401628|gb|CF207255.1|CF207255
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45771805|gb|CN007657.1|CN007657
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45771366|gb|CN007218.1|CN007218
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|77578610|gb|DV218094.1|DV218094
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45771374|gb|CN007226.1|CN007226
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|352794922|gb|FQ477032.1|FQ477032
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|30300892|gb|CB977686.1|CB977686
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|352769105|gb|FQ471053.1|FQ471053
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTG-AGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|30298308|gb|CB975102.1|CB975102
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45771291|gb|CN007143.1|CN007143
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|77586266|gb|DV222232.1|DV222232
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|30298235|gb|CB975029.1|CB975029
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|110714941|gb|EE092422.1|EE092422
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|83275729|gb|DV939737.1|DV939737
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|110400520|gb|EC967085.1|EC967085
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45771364|gb|CN007216.1|CN007216
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45771785|gb|CN007637.1|CN007637
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGAAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45771092|gb|CN006944.1|CN006944
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|156735475|gb|EV239596.1|EV239596
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45771387|gb|CN007239.1|CN007239
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|33410422|gb|CF216049.1|CF216049
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45770416|gb|CN006268.1|CN006268
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|30137171|gb|CB922509.1|CB922509
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|110724074|gb|EE099583.1|EE099583
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|33404311|gb|CF209938.1|CF209938
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|30253098|gb|CB970649.1|CB970649
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTGANAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|34363267|gb|CF404852.1|CF404852
EST:     CTGATGTCGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAC                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|110363975|gb|EC927611.1|EC927611
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|46910160|gb|CN545535.1|CN545535
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCCATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|33409430|gb|CF215057.1|CF215057
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|77579387|gb|DV218527.1|DV218527
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|34362299|gb|CF403884.1|CF403884
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|110420694|gb|EC986971.1|EC986971
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|33407817|gb|CF213444.1|CF213444
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|46910399|gb|CN545774.1|CN545774
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|37189020|gb|CF608369.1|CF608369
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|110698064|gb|EE075650.1|EE075650
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|110710370|gb|EE086656.1|EE086656
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|110704746|gb|EE081772.1|EE081772
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|161712274|gb|FC061897.1|FC061897
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|71871483|gb|DT020538.1|DT020538
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|45771800|gb|CN007652.1|CN007652
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT
EST: gi|110725762|gb|EE102635.1|EE102635
EST:     CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTATCCGGGCTCTGAAGGAGAAG                         GAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTGGAAGAGGTGGT
genomic: CTGATGTTGCTGCCACTTTCAATGGGATTGTCCGGGCTCTGAAGGAGAAGgtgtgatcaa ... tttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaaattcaagtttgcttcaacttttttttttctttttttctttttttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGTCCTAACTATCAGACTGGCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAAC
 tcctaaa  putative branch site (score: 2)
           tttgcttcaacttttt  putative PPT
                ttcaactttttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtgatcaagttgaattattctctctggatcttggttgtttcaattctcatcctaaattcaagtttgcttcaacttttttttttctttttttctttttttctgacagGAATCCAAATTAAAAGCCTCCAGAATGCACATCTATGTTCGAAGAGGTGGTCCTAACTATCAGACTGGCTTGGCAAGGATGCGTGCCTTGGGAGAGGAAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA