Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattatgttttgcaaatctttgatagtgttatataggttcctctttgaactgaaactaatggttgttttgtttggttgcagAATAAATGTAATGTGGGTTATGCCTTTATCAACATGGTGTCTCCTTCGCACATTATCCCCTTTTATGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0142g00100.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0142g00100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA18G12730.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtaattatgttttgcaaatctt--tgatagtgttatataggttcctctttgaactgaaactaatg----gttgttttgttt-ggttgcagAATAAATGTAATGTGGGTTATGCCTTTATCAACATGGTGTCTCCTTCGCACATTATCCCCTTTTATGAG
||| | |  |  | || |||||  | ||   | |  |  | || ||| |   ||    ||| ||       ||  |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||| ||  ||
gtattcacatcctacatatctttttaattaggattgagggatttctcctgccacgatgacttatttcttaatgccttgttttgcttgcagAATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACACATCATCGCCTTCTACAAG

upper sequence: Vv12s0142g00100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA08G42230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
gtaattatgttttgcaaatctt--tgatagtgttatataggttcctctttgaactgaaactaatg----gttgttttgttt-ggttgcagAATAAATGTAATGTGGGTTATGCCTTTATCAACATGGTGTCTCCTTCGCACATTATCCCCTTTTATGAG
||| | |  |  | || |||||  | ||   | |  |  | || ||| |   |     ||| ||     | ||  |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||| ||  ||
gtattgacatcctacatatctttttaatttgggttgagggatttctcctgccaggatgacttatttcttgatgccttgttttgcttgcagAATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACACATCATTGCCTTCTACAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351016374|gb|FQ446234.1|FQ446234
EST:     AAAATCATAGGGGTACCTATGATTTTCTATACTTGCCAATTGATTTTAAG                         AATAAATGTAATGTGGGTTATGCCTTTATCAACATGGTGTCTCCTTCGCAC
genomic: AAAATCATAGGGGTACCTATGATTTTCTATACTTGCCAATTGATTTTAAGgtaattatgt ... ttggttgcagAATAAATGTAATGTGGGTTATGCCTTTATCAACATGGTGTCTCCTTCGCAC
EST: gi|351017816|gb|FQ436169.1|FQ436169
EST:     AAAATCATAGGGGTACCTATGATTTTCTATACTTGCCAATTGATTTTAAG                         AATAAATGTAATGTGGGTTATGCCTTTATCAACATGGTGTCTCCTTCGCAC
genomic: AAAATCATAGGGGTACCTATGATTTTCTATACTTGCCAATTGATTTTAAGgtaattatgt ... ttggttgcagAATAAATGTAATGTGGGTTATGCCTTTATCAACATGGTGTCTCCTTCGCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttatataggttcctctttgaactgaaactaatggttgttttgtttggttgcagAATAAATGTAATGTGGGTTATGCCTTTATCAACATGGTGTCTCCTTCGCACATTATCCCCTTTTATGAG
                           aactaat  putative branch site (score: 2)
                                       ttttgttt  putative PPT
                          aaactaat  TA-rich tract