1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...tgcataataatggacctatgattcagactttgatcttaaatctattttgtatgtgcaaagatttaacttcccttgatttcaaataaaaattaaactgcagGATGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTTGAAGAGAAAGGGAAGAAAGAAGCTGAAGAAAGTGCCCAACAAGCAAAGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0057g00920.t01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGGTTGTGCTCGAGGAACATTGGATTCAGAAAAGAATACAAGATCTTCAG GACGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTTEST: gi|71882374|gb|DT031429.1|DT031429
genomic: GGGTTGTGCTCGAGGAACATTGGATTCAGAAAAGAATACAAGATCTTCAGgtgtgctttg ... taaactgcagGATGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTT
EST: GGGTTGTGCTCGAGGAACATTGGATTCAGAAAAGAATACAAGATCTTCAG GACGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTTEST: gi|110423833|gb|EC990184.1|EC990184
genomic: GGGTTGTGCTCGAGGAACATTGGATTCAGAAAAGAATACAAGATCTTCAGgtgtgctttg ... taaactgcagGATGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTT
EST: GGGTTGTGCTCGAGGAACATTGGATTCAGAAAAGAATACAAGATCTTCAG GATGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTTEST: gi|71889020|gb|DT038075.1|DT038075
genomic: GGGTTGTGCTCGAGGAACATTGGATTCAGAAAAGAATACAAGATCTTCAGgtgtgctttg ... taaactgcagGATGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTT
EST: GGGTTGTGCTCGAGGAACATTGGATTCAGAAAAGAATACAAGATCTTCAG GACGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTTEST: gi|30135657|gb|CB920995.1|CB920995
genomic: GGGTTGTGCTCGAGGAACATTGGATTCAGAAAAGAATACAAGATCTTCAGgtgtgctttg ... taaactgcagGATGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTT
EST: GGGTTGTGCTCGAGGAACATTGGATTCAGAAAAGAATACAAGATCTTCAG GACGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTT
genomic: GGGTTGTGCTCGAGGAACATTGGATTCAGAAAAGAATACAAGATCTTCAGgtgtgctttg ... taaactgcagGATGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTT
tttgtatgtgcaaagatttaacttcccttgatttcaaataaaaattaaactgcagGATGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTTGAAGAGAAAGGGAAGAAAGAAGCTGAAGAAAGTGCCCAACAAGCAAAGG
ttgatttcaaataaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgcataataatggacctatgattcagactttgatcttaaatctattttgtatgtgcaaagatttaacttcccttgatttcaaataaaaattaaactgcagGATGCCCGAGCTGCTGGCTGCCGTACATCTGCTGAGGCAGAGAGATATCTTGAAGAGAAAGGGAAGAAAGAAGCTGAAGAAAGTGCCCAACAAGCAAAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaataaa