1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...aactttcacgcttgtgaaggttcaaaggggaattgttggatgttccaacatctagttgaaccatatttatatagatgacaagtgcttgctttttcctcagGTTACGGGTACAGTTGGGAGTAAACATGCCTGCTCAGGCTAATCGCAAGGTTCTGCAGGATGAAGCCAATTCAAAAGAAGTTGAGCTTTTTGAGGTTTAT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0034g01790.t01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACTCTGTAGGTGACAAAGAAGTTGATCTTCTTCTGCCTGGTACTGGAAG GTTACGGGTACAGTTGGGAGTAAACATGCCTGCTCAGGCTAATCGCAAGGTEST: gi|30124973|gb|CB910312.1|CB910312
genomic: TACTCTGTAGGTGACAAAGAAGTTGATCTTCTTCTGCCTGGTACTGGAAGgtagcttttt ... ttttcctcagGTTACGGGTACAGTTGGGAGTAAACATGCCTGCTCAGGCTAATCGCAAGGT
EST: TACTCTGTAGGTGACAAAGAAGTTGATCTTCTTCTGCCTGGTACTGGAAG GTTACGGGTACAGTTGGGAGTAAACATGCCTGCTCAGGCTAATCGCAAGGTEST: gi|349830180|gb|FQ420440.1|FQ420440
genomic: TACTCTGTAGGTGACAAAGAAGTTGATCTTCTTCTGCCTGGTACTGGAAGgtagcttttt ... ttttcctcagGTTACGGGTACAGTTGGGAGTAAACATGCCTGCTCAGGCTAATCGCAAGGT
EST: TACTCTGTAGGTGACAAAGAAGTTGATCTTCTTCTGCCTGGTACTGGAAG GTTACGGGTACAGTTGGGAGTAAACATGCCTGCTCAGGCTAATCGCAAGGT
genomic: TACTCTGTAGGTGACAAAGAAGTTGATCTTCTTCTGCCTGGTACTGGAAGgtagcttttt ... ttttcctcagGTTACGGGTACAGTTGGGAGTAAACATGCCTGCTCAGGCTAATCGCAAGGT
caacatctagttgaaccatatttatatagatgacaagtgcttgctttttcctcagGTTACGGGTACAGTTGGGAGTAAACATGCCTGCTCAGGCTAATCGCAAGGTTCTGCAGGATGAAGCCAATTCAAAAGAAGTTGAGCTTTTTGAGGTTTAT
tgcttgctttttcctc CT-rich tract
atatttatatagatga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aactttcacgcttgtgaaggttcaaaggggaattgttggatgttccaacatctagttgaaccatatttatatagatgacaagtgcttgctttttcctcagGTTACGGGTACAGTTGGGAGTAAACATGCCTGCTCAGGCTAATCGCAAGGTTCTGCAGGATGAAGCCAATTCAAAAGAAGTTGAGCTTTTTGAGGTTTAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- ctttcac
- - - - -gcttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - ttgttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tccaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaccata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttgct