Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcaggcgcaaaatatattctattattatcacattgtttctttattataaattatatcaggaaaaaaaaaatgcagcttgtgcatctgccaactgatgttattatcagttaccttatcctgactatatctatgtgataagctcattggttcatgaatgtgcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGGTGTACATGATGCTGGATGCTCTGCTTGTGAGATGGCAGTTGTCTGGATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0116g01210.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|77577410|gb|DV217422.1|DV217422
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|352794761|gb|FQ475259.1|FQ475259
EST:     TTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTTGAAGG-ACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCCTTGAGAGTGTTGTGGAT
genomic: TTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTT-GATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGAT
EST: gi|30300182|gb|CB976976.1|CB976976
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|32247021|gb|CD712840.1|CD712840
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|30127472|gb|CB912811.1|CB912811
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|27579600|gb|CB002295.1|CB002295
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|26266741|gb|CA817804.1|CA817804
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|71881802|gb|DT030857.1|DT030857
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|34549550|gb|CF517782.1|CF517782
EST:     CTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: CTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|110395600|gb|EC961267.1|EC961267
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|30251118|gb|CB968851.1|CB968851
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|110718432|gb|EE095257.1|EE095257
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|34549541|gb|CF517773.1|CF517773
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|33402264|gb|CF207891.1|CF207891
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|161719906|gb|FC066714.1|FC066714
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTTGACA-GTCATCTG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGT-GACAAGTCATCTG
EST: gi|110701137|gb|EE078403.1|EE078403
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACNAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|30326639|gb|CD009901.1|CD009901
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|110692890|gb|EE068644.1|EE068644
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|26264648|gb|CA815711.1|CA815711
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|71890243|gb|DT039298.1|DT039298
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACGAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|34550114|gb|CF518332.1|CF518332
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|110724332|gb|EE100065.1|EE100065
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|27583889|gb|CB006584.1|CB006584
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|32269157|gb|CD718316.1|CD718316
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|34542385|gb|CF510617.1|CF510617
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|110387693|gb|EC952381.1|EC952381
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|46918171|gb|CN547500.1|CN547500
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|71889630|gb|DT038685.1|DT038685
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|110724931|gb|EE101189.1|EE101189
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAAAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|26265277|gb|CA816340.1|CA816340
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|110716609|gb|EE091739.1|EE091739
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|30253215|gb|CB970766.1|CB970766
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|110723066|gb|EE099952.1|EE099952
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGNNNNNNNTGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|34549014|gb|CF517246.1|CF517246
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|87584007|gb|DY473330.1|DY473330
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|27585499|gb|CB008194.1|CB008194
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|71884619|gb|DT033674.1|DT033674
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|34549024|gb|CF517256.1|CF517256
EST:     GGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: GGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|77589411|gb|DV223973.1|DV223973
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|30300771|gb|CB977565.1|CB977565
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG
EST: gi|110684973|gb|EE062864.1|EE062864
EST:     ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGG                         CATGGGCATTGAGAATGTTGTGGATGAGAA-AATGGTGACAAGTCATCTGG
genomic: ATTTGCTCGCAAATTGGGTTGTGCACCTTTGATGGGACTCGTGGTGTTGGgtcaggcgca ... gcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatcctgactatatctatgtgataagctcattggttcatgaatgtgcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGGTGTACATGATGCTGGATGCTCTGCTTGTGAGATGGCAGTTGTCTGGATG
  tcctgac  putative branch site (score: 2)
         tatatctat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtcaggcgcaaaatatattctattattatcacattgtttctttattataaattatatcaggaaaaaaaaaatgcagcttgtgcatctgccaactgatgttattatcagttaccttatcctgactatatctatgtgataagctcattggttcatgaatgtgcttgtgtagCATGGGCATTGAGAGTGTTGTGGATGAGAAGAATGGTGACAAGTCATCTGGTGTACATGATGCTGGATGCTCTGCTTGTGAGATGGCAGTTGTCTGGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG