Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttttgattttgtatggaaaacttttctttttcctatgaatatgcttcacatgcatgaaacacattcagaattgttattgcagGAGGATCTCTACTACCCCCATCCCCTAATACAAGATCTGATGTGGGATAGTTTGTACATATGTACTGAGCCTCTTCTTACTCGTTGGCCCTTTAACAAGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0054g01520.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0054g01520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA08G24160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtgagttttgattttgtatgga-aaacttttctttttcctatgaatatgcttcacatgcatgaaacacattcagaattgttattgcagGAGGATCTCTACTACCCCCATCCCCTAATACAAGATCTGATGTGGGATAGTTTGTACATATGTACTGAGCCTCTTCTTACTCGTTGGCCCTTTAACAAGT
||||        |||   |    | | | |   | |    ||     |  |  |     |||| |    |  |  ||    ||| ||||| ||||| || || || |||||  |  |||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||  | |||||||||||||| || |||||||
gtgaaagacatctttaattaatcagaatgtgtgtatgtacatatcctttttctatgaaaatgacagttgtctattatatcaattacagGAAGATCTTTATTATCCACATCCTTTGGTACAAGATCTAATATGGGATAGTTTATACATATTTACTGAGCCATTGCTTACTCGTTGGCCTTTCAACAAGT

upper sequence: Vv09s0054g01520.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA07G00330.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtgagttttgattttgtatggaaaacttttctttttcctatgaatatgcttcac-atgca--tgaaacacattcagaattgttattgcagGAGGATCTCTACTACCCCCATCCCCTAATACAAGATCTGATGTGGGATAGTTTGTACATATGTACTGAGCCTCTTCTTACTCGTTGGCCCTTTAACAAGT
||||        |||  ||  |  ||  |   | |    |   || |  ||  | ||| |  ||| |  | ||||  ||    ||  ||||| ||||| ||||| ||||||||  | |||||||| || || ||||||||||| |||||||  ||||| || || |||||||||||||| || |||||||
gtgaaagacatattta-attaatcacaatgtgtgtgtgcacatatcttttttgctatgaaaatgatagtcgttcattatgtcaatcacagGAAGATCTTTACTATCCCCATCCTTTGATACAAGACCTAATATGGGATAGTTTATACATATTCACTGAACCGCTACTTACTCGTTGGCCTTTCAACAAGT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttcctatgaatatgcttcacatgcatgaaacacattcagaattgttattgcagGAGGATCTCTACTACCCCCATCCCCTAATACAAGATCTGATGTGGGATAGTTTGTACATATGTACTGAGCCTCTTCTTACTCGTTGGCCCTTTAACAAGT
                                         aattgttatt  TA-rich tract