Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggtgtttatctgcactgctctattatgttgcgtcagctgtgaagtgtatggttttattcattaaaatgaatattcaaatgccacaaggtctcttttgcagCTTTGTTCTATCATTGGCTGATGTCGATCCACACCTTATGATGGAAGATGAAAGTCTTGTATGGACAAGTAATGATGTTGTCATTGTGCTTCAGCATCAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0077g00820.t01
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0077g00820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g19690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
----ggtgtttatctgcactgctctattatgttgcgtcagctgtgaagtgtatggttttatt--cattaaaatgaatattcaaatgccacaaggtctcttttgcagCTTTGTTCTATCATTGGCTGATGTCGATCCACACCTTATGATGGAAGATGAAAGTCTTGTATGGACAAGTAATGATGTTGTCATTGTGCTTCAGCATCAA
     | || || |   |    | |  |     |  |   ||||  ||   |  ||| |||   |  |      ||||||   |   ||  |       ||  |||||||||  | |||||||||||||| ||| |  | ||| |||||||||| |||| |||||| |||||||| || |||||||||||||| ||| ||||| | 
catttgggtatagcgataaaaattttatcctaagaatgcactgttcaggcaaaagttatatcaccgctgttgctaatatttttaaaacatgaa------ttgacagCTTTGTATTGTCATTGGCTGATGTTGATGCTGAGCTTCTGATGGAAGAGGAAAATCTTGTTTGGACAAGCAAAGATGTTGTCATTGTACTTGAGCATAAC

upper sequence: Vv05s0077g00820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G135968_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
-----------------------------------------ggtgtttatctgcactgctctattat-gttgcgtcag-ctgtgaagtgtatggttttattcattaaaatgaatattcaaatgccacaaggtctctt------ttgcagCTTTGTTCTATCATTGGCTGATGTCGATCCACACCTTATGATGGAAGATGAAAGTCTTGTATGGACAAGTAATGATGTTGTCATTGTGCTTCAGCATCAA
                                           | |  ||||  |       ||  |  |    |||  || | | |  |     |||| |  | | |||||    | ||||   ||    | ||||       | ||| |||||  ||||| |||| | ||||||| |  | ||| | |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | 
gtaagcttcatttacatggacaggcacctcttcctcctctatctctccatctctagcagaacatggttataaaatcaaactatcatgcctcaaaatttaattctgacaatgatc--taaaatttgaccctttttcttaataaccttcagTTTTGTATTATCACTGGCCGGTGTCGATGCTGAACTTCTCATGGAAGAGGAGAGTCTTGTTTGGACAAGTAAAGATGTTGTTATTGTGCTTGAGCATAAC

upper sequence: Vv05s0077g00820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA17G03880.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
ggtgtttatctgcactgctctattatgttgcgtcagctgtgaagtgtatggttttattca--ttaaaatgaatattcaaatgccacaaggtctcttttgcagCTTTGTTCTATCATTGGCTGATGTCGATCCACACCTTATGATGGAAGATGAAAGTCTTGTATGGACAAGTAATGATGTTGTCATTGTGCTTCAGCATCAA
  |   |   || |    | | ||     | ||      |    | |    |   |  ||  | ||| ||||  ||| ||    |     | |  | || |||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||
--ttgctgaatgaagaagtattttgatcggtgttgatgatattattttgattcaaaaccaattcaaactgaaatttctaaatgtaatgcttttactatgtagCTTTGTGCTATCACTGGCTGATGTTGATCCAAACCTTATGATGGAGGATGAAAGTATGGTATGGACAAGCAAAGATGTTGTAATTGTGCTTGAGCATCAA

upper sequence: Vv05s0077g00820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA07G36720.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
ggtgtttatctgcactgctctattatgttgcgtcagctgtgaagtgtatggtttt-attc---attaaaatgaat---attcaaatgccacaaggtctcttttgcagCTTTGTTCTATCATTGGCTGATGTCGATCCACACCTTATGATGGAAGATGAAAGTCTTGTATGGACAAGTAATGATGTTGTCATTGTGCTTCAGCATCAA
       || |||            | ||  |   | |||  |   |||  |||| ||||   |  ||  | ||    |  ||||||  |     | |  | || || ||||| |||||  | |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||
-------atttgctgaatgaagaagtattttgattgttgttgatgatattattttgattcaaaaccaatttaaactgaagccaaatgttatggtttttactatgtagGTTTGTGCTATCGCTAGCTGATGTGGATCCAAACCTTATGATGGAGGATGAAAGTATGGTATGGACAAGCAATGATGTTGTAATTGTGCTTGAGCATCAA

upper sequence: Vv05s0077g00820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT4G16180.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 10
------------------ggtgtttatctgcactgctctattatgttgcgtcagctgtg-----aagtgtatggtt---ttattcattaaaatgaatattcaaatgccacaaggtctc----ttttgcagCTTTGTTCTATCATTGGCTGATGTCGATCCACACCTTATGATGGAAGATGAAAGTCTTGTATGGACAAGTAATGATGTTGTCATTGTGCTTCAGCATCAA
                        |    | | |  || ||||   ||    || |||      |  |||| |  |   |||  | || ||   ||    ||| ||  ||||    |      | |  || ||| | || ||| | || ||||| ||||||   || |||||||||||||| || || || ||| | || | |||||||||||||||||||||||||| |
gtgagttgattaatataaaccagctgatcggattattc-attacactggccaagttgtatccaaagatgtaagtgtgaattacactttgaacctaaacagcaactgatacaaatctttgataatatatagGTTTATACTCTCACTAGCCGATGTAGATCCAATGCTCATGATGGAAGATGAGAGCCTCGTGTGGGCGAGCAGTGATGTTGTCATTGTGCTTCAGCATCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatggttttattcattaaaatgaatattcaaatgccacaaggtctcttttgcagCTTTGTTCTATCATTGGCTGATGTCGATCCACACCTTATGATGGAAGATGAAAGTCTTGTATGGACAAGTAATGATGTTGTCATTGTGCTTCAGCATCAA
                                           tctcttttgc  CT-rich tract
      ttttattcattaaaat  TA-rich tract