1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...taaaattcaattatatcataatggtagttaattttaagaacaaaagttaaaacactattccagactgggcttaagacactaattgctttatccgctgcagTTTGGAGGATATTTGTCCAGCCAAGTGATCTGTTGAGTTTGATAGAGTGGATACAGCTGAGAAAACTTTTGCTATGGTCAGGCTGCTGCTGCTTCTATAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0020g02800.t01 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAAAAGATCTACCCTTACCGGTGATATCATTGAGTTCTTGGGAAGAAG TTTGGAGGATATTTGTCCGGCCAAGTGATCTGTTGAGTTTGATAGAGTGGAEST: gi|71888477|gb|DT037532.1|DT037532
genomic: AAGAAAAGATCTACCCTTACCGGTGATATCATTGAGTGCTTGGGAAGAAGgtattgaatt ... tccgctgcagTTTGGAGGATATTTGTCCAGCCAAGTGATCTGTTGAGTTTGATAGAGTGGA
EST: CCTTACCGGTGATATCATTGAGTTCTTGGGAAGAAG TTTGGAGGATATTTGTCCGGCCAAGTGATCTGTTGAGTTTGATAGAGTGGAEST: gi|110392805|gb|EC957246.1|EC957246
genomic: CCTTACCGGTGATATCATTGAGTGCTTGGGAAGAAGgtattgaatt ... tccgctgcagTTTGGAGGATATTTGTCCAGCCAAGTGATCTGTTGAGTTTGATAGAGTGGA
EST: AAGAAAAGATCTACCCTTACCGGTGATATCATTGAGTGCTTGGGAAGAAG TTTGGAGGATATTTGTCCAGCCAAGTGATCTGTTGAGTTTGATAGAGTGGA
genomic: AAGAAAAGATCTACCCTTACCGGTGATATCATTGAGTGCTTGGGAAGAAGgtattgaatt ... tccgctgcagTTTGGAGGATATTTGTCCAGCCAAGTGATCTGTTGAGTTTGATAGAGTGGA
gttaaaacactattccagactgggcttaagacactaattgctttatccgctgcagTTTGGAGGATATTTGTCCAGCCAAGTGATCTGTTGAGTTTGATAGAGTGGATACAGCTGAGAAAACTTTTGCTATGGTCAGGCTGCTGCTGCTTCTATAA
cactaat putative branch site (score: 2)
ctttatcc putative PPT
actaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaaattcaattatatcataatggtagttaattttaagaacaaaagttaaaacactattccagactgggcttaagacactaattgctttatccgctgcagTTTGGAGGATATTTGTCCAGCCAAGTGATCTGTTGAGTTTGATAGAGTGGATACAGCTGAGAAAACTTTTGCTATGGTCAGGCTGCTGCTGCTTCTATAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
-aaaattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagacac